js/CXGN/Blast.js

   1
   2 function run_blast(database_types, input_option_types) {
   3   clear_status();
   4   update_status("Initializing run... ");
   5
   6   jQuery('#prereqs').html('');
   7   // jQuery('#blast_report').html('');
   8   jQuery('#Basic_output').html('');
   9   jQuery('#Overview_output').html('');
  10   jQuery('#Coverage_output').html('');
  11   jQuery('#Table_output').html('');
  12   jQuery('#SGN_output').html('');
  13   jQuery('#Bioperl_output').html('');
  14
  15   var program  = jQuery('#program_select').val();
  16   var sequence = jQuery('#sequence').val();
  17
  18   var msie = window.navigator.userAgent.indexOf("MSIE ");
  19
  20   if (msie) {
  21     sequence = sequence.replace(/\s+/g, "\n");
  22   }
  23
  24
  25   var database = jQuery('#database').val();
  26   var evalue   = jQuery('#evalue').val();
  27   var matrix   = jQuery('#matrix').val();
  28   // var graphics = jQuery('#graphics').val(); //graphics?
  29   var maxhits  = jQuery('#maxhits').val();
  30   var filterq  = jQuery('#filterq').val();
  31   var input_option = jQuery('#input_options').val(); //input option is the format of the pasted sequenced
  32
  33   if (sequence === '') {
  34     alert("Please enter a sequence :-)");
  35     return;
  36   }
  37
  38   if (!blast_program_ok(program,  input_option_types[input_option], database_types[database])) {
  39     alert("The BLAST program does not match the selected database and query.");
  40     return;
  41   }
  42
  43   update_status("Submitting job... ");
  44
  45   var jobid ="";
  46   var seq_count = 0;
  47   disable_ui();
  48
  49   jQuery.ajax( {
  50     //async: false,
  51     url: '/tools/blast/run/',
  52
  53     method: 'POST',
  54     data: { 'sequence': sequence, 'matrix': matrix, 'evalue': evalue, 'maxhits': maxhits, 'filterq': filterq, 'database': database, 'program': program, 'input_options': input_option, 'db_type': database_types[database]},
  55     success: function(response) {
  56       if (response.error) {
  57         enable_ui();
  58         alert(response.error);
  59         return;
  60       }
  61       else{
  62         jobid = response.jobid;
  63         seq_count = response.seq_count;
  64         //alert("SEQ COUNT = "+seq_count);
  65         wait_result(jobid, seq_count);
  66       }
  67     },
  68     error: function(response) {
  69       alert("An error occurred. The service may not be available right now.");
  70       enable_ui();
  71       return;
  72     }
  73   });
  74 }
  75
  76 function wait_result(jobid, seq_count) {
  77   update_status('id='+jobid+' ');
  78   var done = false;
  79   var error = false;
  80
  81   while (done == false) {
  82
  83     jQuery.ajax({
  84       async: false,
  85       url: '/tools/blast/check/'+jobid,
  86       success: function(response) {
  87         if (response.status === "complete") {
  88           //alert("DONE!!!!");
  89           done = true;
  90           finish_blast(jobid, seq_count);
  91         }
  92         else {
  93           update_status('.');
  94         }
  95       },
  96       error: function(response) {
  97         alert("An  error occurred. ");
  98         enable_ui();
  99         done=true;
 100         error=true;
 101       }
 102     });
 103
 104   }
 105 }
 106
 107 function finish_blast(jobid, seq_count) {
 108
 109   update_status('Run complete.<br />');
 110
 111   var format   =  jQuery('#parse_options').val() || [ 'Basic' ];
 112
 113   // alert("FORMAT IS: "+format + " seqcount ="+ seq_count + "jobid = "+jobid);
 114
 115   var blast_reports = new Array();
 116   var prereqs = new Array();
 117
 118   if (seq_count > 1) {
 119     format = [ "Table", "Basic" ];
 120     alert("Multiple sequences were detected. The output will be shown in the tabular and basic format");
 121   }
 122
 123   var database = jQuery('#database').val();
 124
 125   for (var n in format) {
 126     update_status('Formatting output ('+format[n]+')<br />');
 127
 128     jQuery.ajax( {
 129       url: '/tools/blast/result/'+jobid,
 130       data: { 'format': format[n], 'db_id': database },
 131
 132       success: function(response) {
 133
 134         // alert("output format: "+response.blast_format);
 135
 136         if (response.blast_report) {
 137           var out_id = "#"+response.blast_format+"_output";
 138           // var out_id = "#"+response.blast_format.replace(" graph", "")+"_output";
 139           // alert("out_id: "+out_id);
 140           // alert("blast_report: "+response.blast_report);
 141
 142           jQuery(out_id).html(response.blast_report+"<br><br>\n");
 143         }
 144         if (response.prereqs) {
 145             prereqs.push(response.prereqs);
 146             jQuery('#prereqs').html(prereqs.join("\n\n<br />\n\n"));
 147         }
 148
 149         jQuery('#jobid').html(jobid);
 150
 151         Effects.swapElements('input_parameter_section_offswitch', 'input_parameter_section_onswitch');
 152         Effects.hideElement('input_parameter_section_content');
 153         jQuery('#download_basic').css("display", "inline");
 154
 155         if (response.blast_format == "Table") {
 156           jQuery('#download_table').css("display", "inline");
 157         }
 158         jQuery('#notes').css("width","75%")
 159         enable_ui();
 160       },
 161       error: function(response) { alert("Parse BLAST: An error occurred. "+response.error); enable_ui();}
 162     });
 163   }
 164 }
 165
 166 function disable_ui() {
 167   jQuery('#myModal').modal({
 168     show: true,
 169     keyboard: false,
 170     backdrop: 'static'
 171   })
 172     // jQuery('#working').dialog("open");
 173 }
 174
 175 function enable_ui() {
 176   jQuery('#myModal').modal('hide');
 177     // jQuery('#working').dialog("close");
 178     clear_status();
 179 }
 180
 181 function clear_input_sequence() {
 182    jQuery('#sequence').val('');
 183 }
 184
 185 function blast_program_ok(program, query_type, database_type) {
 186   var ok = new Array();
 187   // query database program
 188
 189   ok = { 'protein': { nucleotide : { tblastn: 1 }, protein : { blastp: 1 } },
 190           'nucleotide' : { nucleotide : { blastn: 1, tblastx: 1}, protein: { blastx: 1 } },
 191           'autodetect' : { nucleotide : { blastn: 1, tblastx: 1, tblastn: 1}, protein: { blastx: 1, blastp: 1 } } };
 192
 193   return ok[query_type][database_type][program];
 194 }
 195
 196 function download() {
 197   var jobid = jQuery('#jobid').html();
 198   window.location.href= '/documents/tempfiles/blast/'+jobid+'.out';
 199 }
 200
 201 function download_table() {
 202   var jobid = jQuery('#jobid').html();
 203   window.location.href= '/documents/tempfiles/blast/'+jobid+'.out_tabular.txt';
 204 }
 205
 206 function update_status(message) {
 207   jQuery('#bs_working_msg').html(message);
 208 }
 209
 210 function clear_status() {
 211   jQuery('#bs_working_msg').html('');
 212 }