task-4255/stability.R

   1 library(ggplot2)
   2 library(scales)
   3 library(grid)
   4 library(reshape)
   5 stability <- read.csv("stability.csv", stringsAsFactors = FALSE)
   6
   7 d <- stability[stability$time > '2010-07' & stability$time < '2011-07', ]
   8 d <- d[, c("time", "running")]
   9 d <- na.omit(d)
  10 d_mean <- aggregate(list(running = d$running),
  11   by = list(date = as.Date(d$time)), quantile, probs = 0.5)
  12 d_max <- aggregate(list(running = d$running),
  13   by = list(date = as.Date(d$time)), quantile, probs = 0.75)
  14 d_min <- aggregate(list(running = d$running),
  15   by = list(date = as.Date(d$time)), quantile, probs = 0.25)
  16 d <- data.frame(x = d_mean$date, y = d_mean$running, ymin = d_min$running,
  17   ymax = d_max$running)
  18 d <- rbind(d,
  19   data.frame(x = as.Date(setdiff(seq(from = min(d$x, na.rm = TRUE),
  20   to = max(d$x, na.rm = TRUE), by="1 day"), d$x), origin = "1970-01-01"),
  21   y = NA, ymin = NA, ymax = NA))
  22 ggplot(d, aes(x = as.Date(x), y = y, ymin = ymin, ymax = ymax)) +
  23 geom_line() +
  24 scale_x_date("", breaks = "3 months", minor_breaks = "1 month",
  25   labels = date_format("%b %Y")) +
  26 scale_y_continuous(name = "Running    \nbridges    ",
  27   limits = c(0, max(d_mean$running, na.rm = TRUE))) +
  28 opts(axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
  29   hjust = 0.5),
  30   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
  31   hjust = 1))
  32 ggsave(filename = "runningbridge.pdf", width = 7, height = 3, dpi = 100)
  33
  34 pdf("runningbridge-detail.pdf", width = 7, height = 4)
  35 grid.newpage()
  36 pushViewport(viewport(layout = grid.layout(2, 1)))
  37 d <- stability[stability$time > '2010-07-10' &
  38   stability$time < '2010-07-31', ]
  39 a <- ggplot(d, aes(x = as.POSIXct(time), y = running)) +
  40 geom_point(size = 0.75) +
  41 scale_x_datetime(name = "", breaks = "1 week", minor_breaks = "1 day",
  42   labels = date_format("%b %d, %Y")) +
  43 scale_y_continuous(name = "Running    \nbridges    ",
  44   limits = c(0, max(d$running, na.rm = TRUE))) +
  45 opts(axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
  46   hjust = 0.5),
  47   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
  48   hjust = 1),
  49   legend.position = "none")
  50 d <- stability[stability$time > '2011-01-24' &
  51   stability$time < '2011-02-19', ]
  52 e <- read.csv("stale-bridge-tarballs.csv", stringsAsFactors = FALSE,
  53   col.names = c("time"))
  54 d <- rbind(
  55   data.frame(time = d$time, running = d$running, colour = "black"),
  56   data.frame(time = e$time, running = 687, colour = "grey"))
  57 b <- ggplot(d, aes(x = as.POSIXct(time), y = running, colour = colour)) +
  58 geom_point(size = 0.75) +
  59 scale_x_datetime(name = "", breaks = "1 week", minor_breaks = "1 day",
  60   labels = date_format("%b %d, %Y")) +
  61 scale_y_continuous(name = "Running    \nbridges    ",
  62   limits = c(0, max(d$running, na.rm = TRUE))) +
  63 scale_colour_manual(values = c("black", "grey60")) +
  64 opts(axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
  65   hjust = 0.5),
  66   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
  67   hjust = 1),
  68   legend.position = "none")
  69 print(a, vp = viewport(layout.pos.row = 1, layout.pos.col = 1))
  70 print(b, vp = viewport(layout.pos.row = 2, layout.pos.col = 1))
  71 dev.off()
  72
  73 d <- stability[stability$time > '2010-07' & stability$time < '2011-07', ]
  74 d <- d[, c("time", "minwmtbaca50wmtbac", "minwta", "minwfua50wfu")]
  75 d <- na.omit(d)
  76 d_mean <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
  77   quantile, probs = 0.5)
  78 d_max <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
  79   quantile, probs = 0.75)
  80 d_min <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
  81   quantile, probs = 0.25)
  82 d <- rbind(
  83   data.frame(x = d_mean$date,
  84     y = d_mean$minwmtbaca50wmtbac / (24 * 60 * 60),
  85     ymin = d_min$minwmtbaca50wmtbac / (24 * 60 * 60),
  86     ymax = d_max$minwmtbaca50wmtbac / (24 * 60 * 60),
  87     var = "Median WMTBAC"),
  88   data.frame(x = d_mean$date, y = d_mean$minwta / (24 * 60 * 60),
  89     ymin = d_min$minwta / (24 * 60 * 60),
  90     ymax = d_max$minwta / (24 * 60 * 60),
  91     var = "12.5th perc. WT"),
  92   data.frame(x = d_mean$date, y = d_mean$minwfua50wfu / 10000,
  93     ymin = d_min$minwfua50wfu / 10000,
  94     ymax = d_max$minwfua50wfu / 10000,
  95     var = "Median WFU"))
  96 missing_dates <- as.Date(setdiff(seq(from = min(d$x, na.rm = TRUE),
  97   to = max(d$x, na.rm = TRUE), by="1 day"), d$x), origin = "1970-01-01")
  98 d <- rbind(d,
  99   data.frame(x = missing_dates, y = NA, ymin = NA, ymax = NA,
 100     var = "Median WMTBAC"),
 101   data.frame(x = missing_dates, y = NA, ymin = NA, ymax = NA,
 102     var = "12.5th perc. WT"),
 103   data.frame(x = missing_dates, y = NA, ymin = NA, ymax = NA,
 104     var = "Median WFU"))
 105 e <- data.frame(
 106   yintercept = c(30, 8, 0.98),
 107   var = c("Median WMTBAC", "12.5th perc. WT", "Median WFU"))
 108 ggplot(d, aes(x = as.Date(x), y = y, ymin = ymin, ymax = ymax)) +
 109 geom_line() +#colour = "grey30") +
 110 #geom_ribbon(alpha = 0.3) +
 111 geom_hline(data = e, aes(yintercept = yintercept), colour = "gray40",
 112   linetype = 2) +
 113 facet_grid(var ~ ., scales = "free_y") +
 114 scale_x_date("", breaks = "3 months", minor_breaks = "1 month",
 115   labels = date_format("%b %Y")) +
 116 scale_y_continuous(name = "") +
 117 opts(axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
 118   hjust = 0.5),
 119   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
 120   hjust = 1))
 121 ggsave(filename = "requirements.pdf", width = 7, height = 5, dpi = 100)
 122
 123 d <- stability[stability$time > '2010-07' & stability$time < '2011-07', ]
 124 d <- d[, c("time", "perc10wfu0wfu0wmtbac", "perc10wfu0wfu50wmtbac",
 125   "perc10wfu50wfu0wmtbac", "perc10wfu50wfu50wmtbac")]
 126 d <- na.omit(d)
 127 d <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
 128   quantile, probs = 0.5)
 129 d <- rbind(d,
 130   data.frame(date = as.Date(setdiff(seq(from = min(d$date),
 131   to = max(d$date), by="1 day"), d$date), origin = "1970-01-01"),
 132   perc10wfu0wfu0wmtbac = NA, perc10wfu0wfu50wmtbac = NA,
 133   perc10wfu50wfu0wmtbac = NA, perc10wfu50wfu50wmtbac = NA))
 134 d <- melt(d, id = "date")
 135 ggplot(d, aes(x = date, y = value / 10000, colour = variable)) +
 136 geom_line() +
 137 scale_y_continuous(name = paste("10th perc.   \nWFU in   \n",
 138   "the future   ", sep = ""), labels = percent, limits = c(0, 1)) +
 139 scale_x_date("", breaks = "3 months", minor_breaks = "1 month",
 140   labels = date_format("%b %Y")) +
 141 scale_colour_manual(name = paste("Requirements for\nconsidering",
 142   "a\nbridge as stable\n"), breaks = c("perc10wfu50wfu50wmtbac",
 143   "perc10wfu50wfu0wmtbac", "perc10wfu0wfu50wmtbac",
 144   "perc10wfu0wfu0wmtbac"), labels = c("WFU & WMTBAC", "WFU", "WMTBAC",
 145   "None"), values = c("black", "grey60", "grey80", "grey45")) +
 146 opts(plot.title = theme_text(size = 14 * 0.8, face = "bold"),
 147   axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
 148   hjust = 0.5),
 149   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
 150   hjust = 1))
 151 ggsave(filename = "fwfu-sim.pdf", width = 7, height = 3, dpi = 100)
 152
 153 d <- stability[stability$time > '2010-07' & stability$time < '2011-07', ]
 154 d <- d[, c("time", "perc10tosa0wfu0wmtbac", "perc10tosa0wfu50wmtbac",
 155   "perc10tosa50wfu0wmtbac", "perc10tosa50wfu50wmtbac")]
 156 d <- na.omit(d)
 157 d <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
 158   quantile, probs = 0.5)
 159 d <- rbind(d,
 160   data.frame(date = as.Date(setdiff(seq(from = min(d$date),
 161   to = max(d$date), by="1 day"), d$date), origin = "1970-01-01"),
 162   perc10tosa0wfu0wmtbac = NA, perc10tosa0wfu50wmtbac = NA,
 163   perc10tosa50wfu0wmtbac = NA, perc10tosa50wfu50wmtbac = NA))
 164 d <- melt(d, id = "date")
 165 ggplot(d, aes(x = date, y = value / 86400, colour = variable)) +
 166 geom_line() +
 167 scale_y_continuous(name = paste("10th perc.   \ntime on   \nthe same   \n",
 168   "address   \nin days   ", sep = ""),
 169   breaks = seq(0, max(d$value / 86400, na.rm = TRUE), 7),
 170   minor = seq(0, max(d$value / 86400, na.rm = TRUE), 1),
 171   limits = c(0, max(d$value / 86400, na.rm = TRUE))) +
 172 scale_x_date("", breaks = "3 months", minor_breaks = "1 month",
 173   labels = date_format("%b %Y")) +
 174 scale_colour_manual(name = paste("Requirements for\nconsidering",
 175   "a\nbridge as stable\n"), breaks = c("perc10tosa50wfu50wmtbac",
 176   "perc10tosa0wfu50wmtbac", "perc10tosa50wfu0wmtbac",
 177   "perc10tosa0wfu0wmtbac"), labels = c("WFU & WMTBAC", "WMTBAC", "WFU",
 178   "None"), values = c("black", "grey80", "grey60", "grey45")) +
 179 opts(plot.title = theme_text(size = 14 * 0.8, face = "bold"),
 180   axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
 181   hjust = 0.5),
 182   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
 183   hjust = 1))
 184 ggsave(filename = "tosa-sim.pdf", width = 7, height = 3, dpi = 100)
 185
 186 d <- stability[stability$time > '2010-07' & stability$time < '2011-07', ]
 187 d <- d[, c("time", "stablebridge0wfu50wmtbac", "stablebridge50wfu0wmtbac",
 188   "stablebridge50wfu50wmtbac", "running")]
 189 d <- na.omit(d)
 190 #d <- aggregate(d[, 2:length(d)], by = list(date = as.Date(d$time)),
 191 #  quantile, probs = 0.5)
 192 d <- rbind(
 193   data.frame(time = d$time, y = d$stablebridge0wfu50wmtbac / d$running,
 194     variable = "WMTBAC"),
 195   data.frame(time = d$time, y = d$stablebridge50wfu0wmtbac / d$running,
 196     variable = "WFU"),
 197   data.frame(time = d$time, y = d$stablebridge50wfu50wmtbac / d$running,
 198     variable = "WFU & WMTBAC"))
 199 d <- aggregate(list(y = d$y), by = list(x = as.Date(d$time),
 200   variable = d$variable), quantile, probs = 0.5)
 201 missing_dates <- as.Date(setdiff(seq(from = min(d$x, na.rm = TRUE),
 202   to = max(d$x, na.rm = TRUE), by="1 day"), d$x), origin = "1970-01-01")
 203 d <- rbind(d,
 204   data.frame(x = missing_dates, y = NA,
 205     variable = "WMTBAC"),
 206   data.frame(x = missing_dates, y = NA,
 207     variable = "WFU"),
 208   data.frame(x = missing_dates, y = NA,
 209     variable = "WFU & WMTBAC"))
 210 ggplot(d, aes(x = x, y = y, colour = variable)) +
 211 geom_line() +
 212 scale_y_continuous(name = "Fraction of    \nRunning    \nbridges    ",
 213   labels = percent, limits = c(0, max(d$y, na.rm = TRUE))) +
 214 scale_x_date("", breaks = "3 months", minor_breaks = "1 month",
 215   labels = date_format("%b %Y")) +
 216 scale_colour_manual(name = paste("\nRequirements for\nconsidering",
 217   "a\nbridge as stable\n"), values = c("grey80", "grey60", "grey45")) +
 218 opts(axis.title.x = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold",
 219   hjust = 0.5),
 220   axis.title.y = theme_text(size = 12 * 0.8, face = "bold", vjust = 0.5,
 221   hjust = 1))
 222 ggsave(filename = "stablebridge.pdf", width = 7, height = 3, dpi = 100)
 223