org-tutorials/org-plot.org

   1 #+TITLE:      Plotting tables in Org-Mode using org-plot
   2 #+AUTHOR:     Eric Schulte
   3 #+EMAIL:      schulte.eric@gmail.com
   4 #+OPTIONS:    H:3 num:nil toc:t \n:nil ::t |:t ^:t -:t f:t *:t tex:t d:(HIDE) tags:not-in-toc
   5 #+STARTUP:    align fold nodlcheck hidestars oddeven lognotestate
   6 #+SEQ_TODO:   TODO(t) INPROGRESS(i) WAITING(w@) | DONE(d) CANCELED(c@)
   7 #+TAGS:       Write(w) Update(u) Fix(f) Check(c)
   8 #+LANGUAGE:   en
   9 #+PRIORITIES: A C B
  10 #+CATEGORY:   worg-tutorial
  11
  12 # This file is released by its authors and contributors under the GNU
  13 # Free Documentation license v1.3 or later, code examples are released
  14 # under the GNU General Public License v3 or later.
  15
  16 [[file:../index.org][{Back to Worg's index}]]
  17
  18 * Introduction
  19
  20 This tutorial provides instructions for installing and using org-plot
  21 as well as a complete overview of the org-plot options and
  22 demonstrations of some of the many types of graphs which can be
  23 generated automatically from tables in your org-mode files using
  24 org-plot.
  25
  26 While graphs will be included in the html version of this tutorial, if
  27 you would like to play along at home you can download the original org
  28 file here [[http://repo.or.cz/w/Worg.git/blob_plain/HEAD:/org-tutorials/org-plot.org][org-plot.org]].
  29
  30 * Getting Set up
  31
  32 ** Requirements
  33
  34 Org-plot uses Gnuplot as well as the Emacs Gnuplot-mode to power its
  35 graphing.  To download and install these two requirements see the
  36 following
  37
  38
  39 - Gnuplot :: [[http://www.gnuplot.info/]]
  40 - Gnuplot-Mode :: [[http://cars9.uchicago.edu/~ravel/software/gnuplot-mode.html]]
  41
  42 ** Installation
  43 First we need to make sure that org-plot is on your system and
  44 available to emacs.  If you have a recent version of org-mode (version
  45 6.07 or later) then org-plot is already included.  Otherwise you can
  46 grab the latest org-plot.el from [[http://github.com/eschulte/org-plot/tree/master][github/eschulte/org-plot]].  Once you
  47 have org-plot loaded it may be useful to bind the main plotting
  48 command =org-plot/gnuplot= to a key chord, I use =C-M-g= for the
  49 mnemonic "graph" which can be done by executing the following elisp
  50 snippet.  This command will be the only org-plot command needed for
  51 the remainder of this tutorial.
  52
  53 [[elisp:(local-set-key "\M-\C-g" 'org-plot/gnuplot)]]
  54
  55 Alright, we're now ready to start generating some graphs.
  56
  57 * Examples
  58 ** 2d plots (lines and histograms)
  59
  60 First, to plot the following table use the key sequence defined above
  61 =C-M-g=.  This will call =org-plot/gnuplot= which finds and plots the
  62 nearest table.  The options specified in any =#+PLOT= lines above the
  63 table are read and applied to the plot.  Notice that the second
  64 =#+PLOT:= line specifies labels for each column, if this line is
  65 removed the labels will default to the column headers in the table,
  66 try removing this line and re-plotting.
  67
  68 [[file:../images/org-plot/example-1.png]]
  69
  70 For a complete list of all of the options and their meanings see the
  71 [[options]] section at the end of this file.  For more information on
  72 gnuplot options see [[http://gnuplot.sourceforge.net/documentation.html][the gnuplot documentation]], nearly all gnuplot
  73 options should be accessible through org-plot.
  74
  75 #+PLOT: title:"example table" ind:1 type:2d with:lines
  76 #+PLOT: labels:("first new label" "second column" "last column")
  77 #+TBLNAME:org-plot-example-1
  78 | independent var | first dependent var | second dependent var |
  79 |-----------------+---------------------+----------------------|
  80 |             0.1 |               0.425 |                0.375 |
  81 |             0.2 |              0.3125 |               0.3375 |
  82 |             0.3 |          0.24999993 |           0.28333338 |
  83 |             0.4 |               0.275 |              0.28125 |
  84 |             0.5 |                0.26 |                 0.27 |
  85 |             0.6 |          0.25833338 |           0.24999993 |
  86 |             0.7 |          0.24642845 |           0.23928553 |
  87 |             0.8 |             0.23125 |               0.2375 |
  88 |             0.9 |          0.23333323 |            0.2333332 |
  89 |               1 |              0.2225 |                 0.22 |
  90 |             1.1 |          0.20909075 |           0.22272708 |
  91 |             1.2 |          0.19999998 |           0.21458333 |
  92 |             1.3 |          0.19615368 |           0.21730748 |
  93 |             1.4 |          0.18571433 |           0.21071435 |
  94 |             1.5 |          0.19000008 |            0.2150001 |
  95 |             1.6 |           0.1828125 |            0.2046875 |
  96 |             1.7 |          0.18088253 |            0.1985296 |
  97 |             1.8 |          0.17916675 |           0.18888898 |
  98 |             1.9 |          0.19342103 |           0.21315783 |
  99 |               2 |                0.19 |              0.21625 |
 100 |             2.1 |          0.18214268 |           0.20714265 |
 101 |             2.2 |          0.17727275 |            0.2022727 |
 102 |             2.3 |           0.1739131 |            0.1989131 |
 103 |             2.4 |          0.16770833 |            0.1916667 |
 104 |             2.5 |               0.164 |                0.188 |
 105 |             2.6 |          0.15769238 |           0.18076923 |
 106 |             2.7 |           0.1592591 |            0.1888887 |
 107 |             2.8 |           0.1598214 |           0.18928565 |
 108 |             2.9 |          0.15603453 |            0.1844828 |
 109
 110
 111 Org-plot can also produce histograms from 2d data, plot the following
 112 table.  Notice that the column specified as =ind= contains textual
 113 non-numeric data, when this is the case org-plot will use the data as
 114 labels for the x-axis using the gnuplot =xticlabels()= function.
 115
 116 [[file:../images/org-plot/example-2.png]]
 117
 118 #+PLOT: title:"Citas" ind:1 deps:(3) type:2d with:histograms set:"yrange [0:]"
 119 | Sede      | Max cites | H-index |
 120 |-----------+-----------+---------|
 121 | Chile     |    257.72 |   21.39 |
 122 | Leeds     |    165.77 |   19.68 |
 123 | São Paolo |     71.00 |   11.50 |
 124 | Stockholm |    134.19 |   14.33 |
 125 | Morelia   |    257.56 |   17.67 |
 126
 127
 128 For another example of plotting histograms instead of lines, change
 129 the following options on the first table on this page, and replot
 130 1) remove the =ind:1= option
 131 2) replace the =with:lines= option with =with:histograms=
 132
 133 [[file:../images/org-plot/example-3.png]]
 134
 135 ** 3d grid plots
 136
 137 There are also some functions for plotting 3d or grid data.  To see an
 138 example of a grid plot call org-plot/gnuplot =C-M-g= which will plot
 139 the following table as a grid.
 140
 141 [[file:../images/org-plot/example-4.png]]
 142
 143 To see the effect of =map= try setting it to =t=, and then
 144 re-plotting.
 145
 146 [[file:../images/org-plot/example-5.png]]
 147
 148 #+PLOT:  type:grid map:t title:"org mode"
 149 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 150 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 151 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 152 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
 153 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 154 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 155 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 |
 156 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 157 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 158 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 159 | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 160 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
 161 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 162 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 163
 164 Plotting grids also respects the independent variable (=ind:=) option,
 165 and uses the values of the independent row to label the resulting
 166 graph.  The following example borrows a short description of org-mode
 167 from Bernt Hansen on the mailing list (a more practical usage would
 168 label every single row with something informative).
 169
 170 [[file:../images/org-plot/example-6.png]]
 171
 172 #+PLOT:  type:grid map:t title:"Org-Mode" ind:1
 173 | text       | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 174 |            | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 175 | plain      | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
 176 |            | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 177 | in         | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 178 |            | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 |
 179 | everything | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 180 |            | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 181 | track      | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 182 |            | 0 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 |
 183 | and        | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 |
 184 |            | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 185 | Organize   | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 186
 187 ** 3d plots
 188
 189 Finally the last type of graphing currently supported is 3d graphs of
 190 data in a table.  This will probably require some more knowledge of
 191 gnuplot to make full use of the many options available.
 192
 193 [[file:../images/org-plot/example-7.png]]
 194
 195 For some simple demonstrations try the following graph using some
 196 different =with:= options =with:points=, =with:lines=, and
 197 =with:pm3d=.
 198
 199 [[file:../images/org-plot/example-8.png]]
 200
 201 #+PLOT: type:3d with:pm3d
 202 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 203 | 0 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 |
 204 | 0 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 0 |
 205 | 0 | 2 | 3 | 4 | 3 | 2 | 0 |
 206 | 0 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 0 |
 207 | 0 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 0 |
 208 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
 209
 210 ** Setting Axis Titles
 211 The question of the proper syntax for setting axis labels via org-plot
 212 has occurred on the mailing list.[fn:1] The answer is to use this:
 213 #+BEGIN_EXAMPLE
 214 #+PLOT: set:"xlabel 'Name'" set:"ylabel 'Name'"
 215 #+END_EXAMPLE
 216
 217 * Reference
 218
 219 ** Plotting Options
 220 #<<options>>
 221
 222 Gnuplot options (see [[http://gnuplot.sourceforge.net/documentation.html][the gnuplot documentation]]) accessible through
 223 `org-plot', common gnuplot options are specifically supported, while
 224 all other options are accessible through specification of generic set
 225 commands, script lines, or specification of custom script files.
 226 Possible options are...
 227
 228 - set :: specify any gnuplot option to be set when graphing
 229 - title :: specify the title of the plot
 230 - ind :: specify which column of the table to use as the x axis
 231 - deps :: specify the columns to graph as a lisp style list,
 232           surrounded by parenthesis and separated by spaces for
 233           example =dep:(3 4)= to graph the third and fourth columns
 234           (defaults to graphing all other columns aside from the ind
 235           column).
 236 - type :: specify whether the plot will be '2d' '3d or 'grid'
 237 - with :: specify a with option to be inserted for every col being
 238           plotted (e.g. lines, points, boxes, impulses, etc...)
 239           defaults to 'lines'
 240 - file :: if you want to plot to a file specify the path to the
 241           desired output file
 242 - labels :: list of labels to be used for the deps (defaults to column
 243             headers if they exist)
 244 - line :: specify an entire line to be inserted in the gnuplot script
 245 - map :: when plotting 3d or grid types, set this to true to graph a
 246          flat mapping rather than a 3d slope
 247 - script :: if you want total control you can specify a script file
 248             (place the file name inside quotes) which will be used to
 249             plot, before plotting every instance of $datafile in the
 250             specified script will be replaced with the path to the
 251             generated data file.  Note even if you set this option you
 252             may still want to specify the plot type, as that can
 253             impact the content of the data file.
 254 - timefmt :: if there is time and/or date data to be plotted, set the
 255              format.  For example, =timefmt:%Y-%m-%d= if the data look
 256              like =2008-03-25=.
 257
 258
 259 * Footnotes
 260
 261 [fn:1] http://www.mail-archive.com/emacs-orgmode@gnu.org/msg08669.html