netcdf/nc2struct.m

   1 function [p,dims]=nc2struct(filename,varnames,gattnames,timestep,p)
   2 % p=nc2struct(filename,varnames,gattnames,timestep,p)
   3 % read from netcdf file to structure
   4 %
   5 % arguments
   6 % input
   7 %   filename        string, name of file to read
   8 %   varnames        cell array of strings, names of variable to read
   9 %   gattnames       cell array of strings, names of global attributes to read
  10 %   times           (optional) matrix of indices in the last dimension to extract (timestep in WRF)
  11 %   p               (optional) the structure to add to
  12 % output
  13 %   p               matlab structure with the specifed variables and attributes as fields
  14 %                   with names in lowercase.  The types are kept and the dimensions
  15 %                   are not squeezed
  16 %
  17 % example
  18 %   p=nc2struct('wrfinput_d01',{'U','V'},{'DX','DY'})
  19 % will read variables U,V into p.u, p.v and global attributes DX DY into
  20 % p.dx p.dy, respectively
  21
  22 if ~exist('timestep','var'),
  23     timestep=0;
  24     t=-1;
  25     fprintf('nc2struct: reading all timesteps\n')
  26 elseif isscalar(timestep) & isnumeric(timestep),
  27     fprintf('nc2struct: reading timestep %i only\n',timestep)
  28     t=timestep-1; % netcdf dimensions start from 0
  29 else
  30     error('timestep must be numeric scalar')
  31 end
  32 p.timestep=timestep;
  33
  34 fprintf('nc2struct: reading from file %s\n',filename)
  35
  36 try
  37    ncid = netcdf.open(filename,'NC_NOWRITE');
  38 catch ERR
  39    disp(['cannot open NetCDF file ',filename])
  40    rethrow(ERR);
  41 end
  42 netcdf.close(ncid);
  43
  44 p.filename{1}=filename;
  45
  46 % reading values
  47
  48
  49 for i=1:length({varnames{:}}),
  50     varname=varnames{i};
  51     try
  52         v=ncvar(filename,varname,[]);
  53     catch ME
  54         warning(['variable ',varname,' does not exist in file ',filename])
  55         v=[];
  56     end
  57     field = strrep(lower(varname),'-','__');
  58     if ~ isempty(v),
  59         ndims=length(v.dimlength);
  60         start=zeros(1,ndims);
  61         count=v.dimlength;
  62         if t >= 0, % read only one dimestep
  63             if(v.dimids(ndims)~=0),
  64                  warning('id of the last dimension is not 0, is it timestep?')
  65             end
  66             start(ndims)=t;
  67             count(ndims)=1;
  68         end
  69         v = ncvar(filename,varname,start, count);
  70         p.(field)=double(v.var_value);
  71         dims.(field)=v.dimlength;
  72     else
  73         p.(field)=[];
  74     end
  75 end
  76
  77 % reading attributes
  78
  79 for i=1:length({gattnames{:}}),
  80     gattname=gattnames{i};
  81     try
  82         val=ncgetgatt(filename,gattname);
  83     catch ME
  84         warning(['global attribute ',gattname,' does not exist in file ',filename])
  85         val=[];
  86     end
  87     p.(lower(gattname))=double(val);
  88 end
  89
  90 end