pkgs/development/python-modules/nipy/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , pythonOlder
   5 , nose
   6 , matplotlib
   7 , nibabel
   8 , numpy
   9 , scipy
  10 , sympy
  11 , python
  12 }:
  13
  14 buildPythonPackage rec {
  15   version = "0.5.0";
  16   pname = "nipy";
  17   disabled = pythonOlder "2.6";
  18
  19   src = fetchPypi {
  20     inherit pname version;
  21     sha256 = "a8a2c97ce854fece4aced5a6394b9fdca5846150ad6d2a36b86590924af3c848";
  22   };
  23
  24   buildInputs = lib.optionals doCheck [ nose ];
  25   propagatedBuildInputs = [ matplotlib nibabel numpy scipy sympy ];
  26
  27   checkPhase = ''    # wants to be run in a different directory
  28     mkdir nosetests
  29     cd nosetests
  30     ${python.interpreter} -c "import nipy; nipy.test()"
  31     rm -rf .
  32   '';
  33
  34   # failing test:
  35   # nipy.algorithms.statistics.models.tests.test_olsR.test_results(11.593139639404727, 11.593140144880794, 6)  # disagrees by 1 at 6th decimal place
  36   # erroring tests:
  37   # nipy.modalities.fmri.fmristat.tests.test_FIAC.test_altprotocol
  38   # nipy.modalities.fmri.fmristat.tests.test_FIAC.test_agreement
  39   # nipy.tests.test_scripts.test_nipy_4d_realign   # because `nipy_4d_realign` script isn't found at test time; works from nix-shell, so could be patched
  40   # nipy.tests.test_scripts.test_nipy_3_4d         # ditto re.: `nipy_3_4d` script
  41   doCheck = false;
  42
  43   meta = with lib; {
  44     homepage = "https://nipy.org/nipy";
  45     description = "Software for structural and functional neuroimaging analysis";
  46     license = licenses.bsd3;
  47   };
  48
  49 }