pkgs/by-name/de/deeptools/package.nix

   1 { lib
   2 , python3
   3 , fetchFromGitHub
   4 }:
   5
   6 python3.pkgs.buildPythonApplication rec {
   7   pname = "deeptools";
   8   version = "3.5.5";
   9   pyproject = true;
  10
  11   src = fetchFromGitHub {
  12     owner = "deeptools";
  13     repo = "deepTools";
  14     rev = "refs/tags/${version}";
  15     hash = "sha256-2kSlL7Y5f/FjVtStnmz+GlTw2oymrtxOCaXlqgbQ7FU=";
  16   };
  17
  18   nativeBuildInputs = with python3.pkgs; [
  19     setuptools
  20   ];
  21
  22   propagatedBuildInputs = with python3.pkgs; [
  23     numpy
  24     numpydoc
  25     scipy
  26     py2bit
  27     pybigwig
  28     pysam
  29     matplotlib
  30     plotly
  31     deeptoolsintervals
  32     importlib-metadata
  33   ];
  34
  35   nativeCheckInputs = with python3.pkgs; [
  36     pytestCheckHook
  37   ];
  38
  39   preCheck = ''
  40     export PATH="$out/bin:$PATH"
  41   '';
  42
  43   disabledTestPaths = [
  44     # tests trip on `len(sys.argv) == 1`
  45     "deeptools/test/test_bigwigAverage.py"
  46     "deeptools/test/test_bigwigCompare_and_multiBigwigSummary.py"
  47     "deeptools/test/test_heatmapper.py"
  48     "deeptools/test/test_multiBamSummary.py"
  49   ];
  50
  51   meta = with lib; {
  52     homepage = "https://deeptools.readthedocs.io/en/develop";
  53     description = "Tools for exploring deep DNA sequencing data";
  54     longDescription = ''
  55       deepTools contains useful modules to process the mapped reads data for multiple
  56       quality checks, creating normalized coverage files in standard bedGraph and bigWig
  57       file formats, that allow comparison between different files (for example, treatment and control).
  58       Finally, using such normalized and standardized files, deepTools can create many
  59       publication-ready visualizations to identify enrichments and for functional
  60       annotations of the genome.
  61     '';
  62     license = with licenses; [ mit bsd3 ];
  63     maintainers = with maintainers; [ scalavision ];
  64   };
  65 }