pkgs/development/python-modules/bwapy/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , pythonOlder
   4 , fetchPypi
   5 , bwa
   6 , cffi
   7 , zlib
   8 }:
   9
  10 buildPythonPackage rec {
  11   pname = "bwapy";
  12   version = "0.1.4";
  13   disabled = pythonOlder "3.6";
  14
  15   src = fetchPypi {
  16     inherit pname version;
  17     sha256 = "090qwx3vl729zn3a7sksbviyg04kc71gpbm3nd8dalqp673x1npw";
  18   };
  19   postPatch = ''
  20     # replace bundled bwa
  21     rm -r bwa/*
  22     cp ${bwa}/lib/*.a ${bwa}/include/*.h bwa/
  23
  24     substituteInPlace setup.py \
  25       --replace 'setuptools>=49.2.0' 'setuptools'
  26   '';
  27
  28   buildInputs = [ zlib bwa ];
  29
  30   propagatedBuildInputs = [ cffi ];
  31
  32   # no tests
  33   doCheck = false;
  34   pythonImportsCheck = [ "bwapy" ];
  35
  36   meta = with lib; {
  37     homepage = "https://github.com/ACEnglish/acebinf";
  38     description = "Python bindings to bwa mem aligner";
  39     license = licenses.mpl20;
  40     maintainers = with maintainers; [ ris ];
  41   };
  42 }