pkgs/development/python-modules/dipy/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , isPy27
   5 , packaging
   6 , pytest
   7 , cython
   8 , numpy
   9 , scipy
  10 , h5py
  11 , nibabel
  12 , tqdm
  13 }:
  14
  15 buildPythonPackage rec {
  16   pname = "dipy";
  17   version = "1.3.0";
  18
  19   disabled = isPy27;
  20
  21   src = fetchFromGitHub {
  22     owner  = "dipy";
  23     repo   = pname;
  24     rev    = version;
  25     sha256 = "0555abx0fwqmk6dc3im7r45d9j7r9xh6gm9mbwfwvlf7laf8h098";
  26   };
  27
  28   nativeBuildInputs = [ cython packaging ];
  29   propagatedBuildInputs = [
  30     numpy
  31     scipy
  32     h5py
  33     nibabel
  34     tqdm
  35   ];
  36
  37   checkInputs = [ pytest ];
  38
  39   # disable tests for now due to:
  40   #   - some tests require data download (see dipy/dipy/issues/2092);
  41   #   - running the tests manually causes a multiprocessing hang;
  42   #   - import weirdness when running the tests
  43   doCheck = false;
  44
  45   pythonImportsCheck = [
  46     "dipy"
  47     "dipy.core"
  48     "dipy.direction"
  49     "dipy.tracking"
  50     "dipy.reconst"
  51     "dipy.io"
  52     "dipy.viz"
  53     "dipy.boots"
  54     "dipy.data"
  55     "dipy.utils"
  56     "dipy.segment"
  57     "dipy.sims"
  58     "dipy.stats"
  59     "dipy.denoise"
  60     "dipy.workflows"
  61     "dipy.nn"
  62   ];
  63
  64   meta = with lib; {
  65     homepage = "https://dipy.org/";
  66     description = "Diffusion imaging toolkit for Python";
  67     license = licenses.bsd3;
  68     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  69   };
  70 }