pkgs/development/python-modules/dicom2nifti/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , pythonOlder
   5 , pytestCheckHook
   6 , gdcm
   7 , nibabel
   8 , numpy
   9 , pydicom
  10 , scipy
  11 , setuptools
  12 }:
  13
  14 buildPythonPackage rec {
  15   pname = "dicom2nifti";
  16   version = "2.4.8";
  17   disabled = pythonOlder "3.6";
  18
  19   # no tests in PyPI dist
  20   src = fetchFromGitHub {
  21     owner = "icometrix";
  22     repo = pname;
  23     rev = version;
  24     hash = "sha256-2Pspxdeu3pHwXpbjS6bQQnvdeMuITRwYarPuLlmNcv8";
  25   };
  26
  27   propagatedBuildInputs = [ gdcm nibabel numpy pydicom scipy setuptools ];
  28
  29   # python-gdcm just builds the python interface provided by the "gdcm" package, so
  30   # we should be able to replace "python-gdcm" with "gdcm" but this doesn't work
  31   # (similar to https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/84774)
  32   postPatch = ''
  33     substituteInPlace setup.py --replace "python-gdcm" ""
  34     substituteInPlace tests/test_generic.py --replace "from common" "from dicom2nifti.common"
  35   '';
  36
  37   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  38
  39   pythonImportsCheck = [ "dicom2nifti" ];
  40
  41   meta = with lib; {
  42     homepage = "https://github.com/icometrix/dicom2nifti";
  43     description = "Library for converting dicom files to nifti";
  44     license = licenses.mit;
  45     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  46   };
  47 }