pkgs/development/python-modules/pdb2pqr/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , pythonOlder
   5 , pythonRelaxDepsHook
   6 , mmcif-pdbx
   7 , numpy
   8 , propka
   9 , requests
  10 , docutils
  11 , pytestCheckHook
  12 , pandas
  13 , testfixtures
  14 }:
  15
  16 buildPythonPackage rec {
  17   pname = "pdb2pqr";
  18   version = "3.6.1";
  19   format = "setuptools";
  20
  21   disabled = pythonOlder "3.7";
  22
  23   src = fetchPypi {
  24     inherit pname version;
  25     hash = "sha256-wFak5tKOsPYRflBW8viWEjM6Cku5JkWB6mWVyINYh1g=";
  26   };
  27
  28   nativeBuildInputs = [
  29     pythonRelaxDepsHook
  30   ];
  31
  32   pythonRelaxDeps = [
  33     "docutils"
  34   ];
  35
  36   propagatedBuildInputs = [
  37     mmcif-pdbx
  38     numpy
  39     propka
  40     requests
  41     docutils
  42   ];
  43
  44   nativeCheckInputs = [
  45     pytestCheckHook
  46     pandas
  47     testfixtures
  48   ];
  49
  50   disabledTests = [
  51     # these tests have network access
  52     "test_short_pdb"
  53     "test_basic_cif"
  54     "test_long_pdb"
  55     "test_ligand_biomolecule"
  56     "test_log_output_in_pqr_location"
  57     "test_propka_apo"
  58     "test_propka_pka"
  59     "test_basic"
  60   ];
  61
  62   pythonImportsCheck = [
  63     "pdb2pqr"
  64   ];
  65
  66   meta = with lib; {
  67     description = "Software for determining titration states, adding missing atoms, and assigning charges/radii to biomolecules";
  68     homepage = "https://www.poissonboltzmann.org/";
  69     changelog = "https://github.com/Electrostatics/pdb2pqr/releases/tag/v${version}";
  70     license = licenses.bsd3;
  71     maintainers = with maintainers; [ natsukium ];
  72   };
  73 }