pkgs/development/python-modules/ruffus/default.nix

   1 { gevent
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , hostname
   5 , pytest
   6 , lib, stdenv
   7 }:
   8
   9 buildPythonPackage rec {
  10   pname = "ruffus";
  11   version = "2.8.4";
  12
  13   src = fetchFromGitHub {
  14     owner = "cgat-developers";
  15     repo = pname;
  16     rev = "v${version}";
  17     sha256 = "0fnzpchwwqsy5h18fs0n90s51w25n0dx0l74j0ka6lvhjl5sxn4c";
  18   };
  19
  20   propagatedBuildInputs = [ gevent ];
  21
  22   nativeCheckInputs = [
  23     hostname
  24     pytest
  25   ];
  26
  27   # tests very flaky & hang often on darwin
  28   doCheck = !stdenv.isDarwin;
  29   # test files do indeed need to be executed separately
  30   checkPhase = ''
  31     pushd ruffus/test
  32     rm test_with_logger.py  # spawns 500 processes
  33     for f in test_*.py ; do
  34       HOME=$TMPDIR pytest -v --disable-warnings $f
  35     done
  36     popd
  37   '';
  38   pythonImportsCheck = [ "ruffus" ];
  39
  40   meta = with lib; {
  41     description = "Light-weight Python Computational Pipeline Management";
  42     homepage = "http://www.ruffus.org.uk";
  43     license = licenses.mit;
  44     maintainers = [ maintainers.kiwi ];
  45   };
  46 }
  47