pkgs/development/python-modules/niworkflows/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , hatch-vcs
   5 , hatchling
   6 , pytestCheckHook
   7 , attrs
   8 , importlib-resources
   9 , jinja2
  10 , looseversion
  11 , matplotlib
  12 , nibabel
  13 , nilearn
  14 , nipype
  15 , nitransforms
  16 , numpy
  17 , packaging
  18 , pandas
  19 , pybids
  20 , pyyaml
  21 , scikit-image
  22 , scipy
  23 , seaborn
  24 , svgutils
  25 , templateflow
  26 , traits
  27 , transforms3d
  28 }:
  29
  30 buildPythonPackage rec {
  31   pname = "niworkflows";
  32   version = "1.10.1";
  33   pyproject = true;
  34
  35   src = fetchFromGitHub {
  36     owner = "nipreps";
  37     repo = "niworkflows";
  38     rev = "refs/tags/${version}";
  39     hash = "sha256-ZOn3KSaPAA8zTdyexrjF9Wkb5C5qA/5eSJahg2DcX20=";
  40   };
  41
  42   postPatch = ''
  43     substituteInPlace pyproject.toml --replace '"traits < 6.4"' '"traits"'
  44   '';
  45
  46   nativeBuildInputs = [
  47     hatch-vcs
  48     hatchling
  49   ];
  50
  51   propagatedBuildInputs = [
  52     attrs
  53     importlib-resources
  54     jinja2
  55     looseversion
  56     matplotlib
  57     nibabel
  58     nilearn
  59     nipype
  60     nitransforms
  61     numpy
  62     packaging
  63     pandas
  64     pybids
  65     pyyaml
  66     scikit-image
  67     scipy
  68     seaborn
  69     svgutils
  70     templateflow
  71     traits
  72     transforms3d
  73   ];
  74
  75   env.SETUPTOOLS_SCM_PRETEND_VERSION = version;
  76
  77   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  78   preCheck = ''export HOME=$(mktemp -d)'';
  79   pytestFlagsArray = [ "niworkflows" ];
  80   # try to download data:
  81   disabledTests = [
  82     "test_GenerateCifti"
  83     "ROIsPlot"
  84     "ROIsPlot2"
  85     "test_SimpleShowMaskRPT"
  86     "test_cifti_surfaces_plot"
  87     "niworkflows.utils.misc.get_template_specs"
  88     "niworkflows.interfaces.cifti._prepare_cifti"
  89   ];
  90   disabledTestPaths = [ "niworkflows/tests/test_registration.py" ];
  91
  92   pythonImportsCheck = [ "niworkflows" ];
  93
  94   meta = with lib; {
  95     description = "Common workflows for MRI (anatomical, functional, diffusion, etc.)";
  96     mainProgram = "niworkflows-boldref";
  97     homepage = "https://github.com/nipreps/niworkflows";
  98     changelog = "https://github.com/nipreps/niworkflows/blob/${src.rev}/CHANGES.rst";
  99     license = licenses.asl20;
 100     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
 101   };
 102 }