pkgs/development/python-modules/pybigwig/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , numpy
   5 , pytestCheckHook
   6 , pythonOlder
   7 , zlib
   8 }:
   9
  10 buildPythonPackage rec {
  11   pname = "pybigwig";
  12   version = "0.3.22";
  13   format = "setuptools";
  14
  15   disabled = pythonOlder "3.7";
  16
  17   src = fetchFromGitHub {
  18     owner = "deeptools";
  19     repo = "pyBigWig";
  20     rev = "refs/tags/${version}";
  21     hash = "sha256-wJC5eXIC9PNlbCtmq671WuoIJVkh3aX7K6WArJWjyFg=";
  22   };
  23
  24   buildInputs = [
  25     zlib
  26   ];
  27
  28   nativeCheckInputs = [
  29     numpy
  30     pytestCheckHook
  31   ];
  32
  33   pythonImportsCheck = [
  34     "pyBigWig"
  35   ];
  36
  37   pytestFlagsArray = [
  38     "pyBigWigTest/test*.py"
  39   ];
  40
  41   disabledTests = [
  42     # Test file is donwloaded from GitHub
  43     "testAll"
  44     "testBigBed"
  45     "testFoo"
  46     "testNumpyValues"
  47   ];
  48
  49   meta = with lib; {
  50     description = "File access to bigBed files, and read and write access to bigWig files";
  51     longDescription = ''
  52       A Python extension, written in C, for quick access to bigBed files
  53       and access to and creation of bigWig files. This extension uses
  54       libBigWig for local and remote file access.
  55     '';
  56     homepage = "https://github.com/deeptools/pyBigWig";
  57     changelog = "https://github.com/deeptools/pyBigWig/releases/tag/${version}";
  58     license = licenses.mit;
  59     maintainers = with maintainers; [ scalavision ];
  60   };
  61 }