pkgs/development/python-modules/tifffile/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , dask
   4 , fetchPypi
   5 , fsspec
   6 , lxml
   7 , numpy
   8 , pytestCheckHook
   9 , pythonOlder
  10 , zarr
  11 }:
  12
  13 buildPythonPackage rec {
  14   pname = "tifffile";
  15   version = "2024.2.12";
  16   format = "setuptools";
  17
  18   disabled = pythonOlder "3.9";
  19
  20   src = fetchPypi {
  21     inherit pname version;
  22     hash = "sha256-SSCj7I6OAD5nPTxlMYY8me7dVw0bi34UHAcu14/4Aw0=";
  23   };
  24
  25   propagatedBuildInputs = [
  26     numpy
  27   ];
  28
  29   nativeCheckInputs = [
  30     dask
  31     fsspec
  32     lxml
  33     pytestCheckHook
  34     zarr
  35   ];
  36
  37   disabledTests = [
  38     # Test require network access
  39     "test_class_omexml"
  40     "test_write_ome"
  41     # Test file is missing
  42     "test_write_predictor"
  43     "test_issue_imagej_hyperstack_arg"
  44     "test_issue_description_overwrite"
  45     # AssertionError
  46     "test_write_bigtiff"
  47     "test_write_imagej_raw"
  48     # https://github.com/cgohlke/tifffile/issues/142
  49     "test_func_bitorder_decode"
  50     # Test file is missing
  51     "test_issue_invalid_predictor"
  52   ];
  53
  54   pythonImportsCheck = [
  55     "tifffile"
  56   ];
  57
  58   # flaky, often killed due to OOM or timeout
  59   env.SKIP_LARGE = "1";
  60
  61   meta = with lib; {
  62     description = "Read and write image data from and to TIFF files";
  63     homepage = "https://github.com/cgohlke/tifffile/";
  64     changelog = "https://github.com/cgohlke/tifffile/blob/v${version}/CHANGES.rst";
  65     license = licenses.bsd3;
  66     maintainers = with maintainers; [ lebastr ];
  67   };
  68 }