pkgs/development/python-modules/nipype/default.nix

   1 { lib, stdenv
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , isPy27
   5 # python dependencies
   6 , click
   7 , dateutil
   8 , etelemetry
   9 , filelock
  10 , funcsigs
  11 , future
  12 , mock
  13 , networkx
  14 , nibabel
  15 , numpy
  16 , packaging
  17 , prov
  18 , psutil
  19 , pybids
  20 , pydot
  21 , pytest
  22 , pytest_xdist
  23 , pytest-forked
  24 , rdflib
  25 , scipy
  26 , simplejson
  27 , traits
  28 , xvfbwrapper
  29 , pytestcov
  30 , codecov
  31 , sphinx
  32 # other dependencies
  33 , which
  34 , bash
  35 , glibcLocales
  36 , callPackage
  37 # causes Python packaging conflict with any package requiring rdflib,
  38 # so use the unpatched rdflib by default (disables Nipype provenance tracking);
  39 # see https://github.com/nipy/nipype/issues/2888:
  40 , useNeurdflib ? false
  41 }:
  42
  43 let
  44
  45  # This is a temporary convenience package for changes waiting to be merged into the primary rdflib repo.
  46  neurdflib = callPackage ./neurdflib.nix { };
  47
  48 in
  49
  50 buildPythonPackage rec {
  51   pname = "nipype";
  52   version = "1.6.0";
  53   disabled = isPy27;
  54
  55   src = fetchPypi {
  56     inherit pname version;
  57     sha256 = "bc56ce63f74c9a9a23c6edeaf77631377e8ad2bea928c898cc89527a47f101cf";
  58   };
  59
  60   postPatch = ''
  61     substituteInPlace nipype/interfaces/base/tests/test_core.py \
  62       --replace "/usr/bin/env bash" "${bash}/bin/bash"
  63   '';
  64
  65   nativeBuildInputs = [
  66     sphinx
  67   ];
  68
  69   propagatedBuildInputs = [
  70     click
  71     dateutil
  72     etelemetry
  73     filelock
  74     funcsigs
  75     future
  76     networkx
  77     nibabel
  78     numpy
  79     packaging
  80     prov
  81     psutil
  82     pydot
  83     scipy
  84     simplejson
  85     traits
  86     xvfbwrapper
  87   ] ++ [ (if useNeurdflib then neurdflib else rdflib) ];
  88
  89   checkInputs = [
  90     pybids
  91     codecov
  92     glibcLocales
  93     mock
  94     pytest
  95     pytest-forked
  96     pytest_xdist
  97     pytestcov
  98     which
  99   ];
 100
 101   # checks on darwin inspect memory which doesn't work in build environment
 102   doCheck = !stdenv.isDarwin;
 103   # ignore tests which incorrect fail to detect xvfb
 104   checkPhase = ''
 105     LC_ALL="en_US.UTF-8" pytest nipype/tests -k 'not display'
 106   '';
 107   pythonImportsCheck = [ "nipype" ];
 108
 109   meta = with lib; {
 110     homepage = "https://nipy.org/nipype/";
 111     description = "Neuroimaging in Python: Pipelines and Interfaces";
 112     license = licenses.bsd3;
 113     maintainers = with maintainers; [ ashgillman ];
 114   };
 115 }