pkgs/development/perl-modules/Bio-BigFile/default.nix

   1 {
   2  BioPerl,
   3  IOString,
   4  buildPerlModule,
   5  fetchFromGitHub,
   6  fetchpatch,
   7  fetchurl,
   8  kent,
   9  lib,
  10  libmysqlclient,
  11  libpng,
  12  openssl,
  13  perl
  14 }:
  15
  16 buildPerlModule rec {
  17   pname = "Bio-BigFile";
  18   version = "1.07";
  19
  20   src = fetchurl {
  21     url = "mirror://cpan/authors/id/L/LD/LDS/Bio-BigFile-${version}.tar.gz";
  22     sha256 = "277b66ce8acbdd52399e2c5a0cf4e3bd5c74c12b94877cd383d0c4c97740d16d";
  23   };
  24
  25   # Only kent 335 works with Bio-BigFile, see
  26   # - official documentation: https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#bigfile
  27   # - one of the developer's answer: https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/issues/1412
  28   # BioBigfile needs the environment variable KENT_SRC to find kent
  29   KENT_SRC = kent.overrideAttrs (old: rec {
  30     pname = "kent";
  31     version = "335";
  32
  33     src = fetchFromGitHub {
  34       owner = "ucscGenomeBrowser";
  35       repo = "kent";
  36       rev = "v${version}_base";
  37       sha256 = "1455dwzpaq4hyhcqj3fpwgq5a39kp46qarfbr6ms6l2lz583r083";
  38     };
  39
  40     patches = [
  41       # Fix  for linking error with zlib. Adding zlib as a dependency is not enough
  42       ./kent-utils.patch
  43       # Vendoring upstream patch (not merged in uscsGenomeBrowser/kent)
  44       ./kent-316e4fd40f53c96850128fd65097a42623d1e736.patch
  45     ];
  46   });
  47
  48
  49   buildInputs = [
  50     BioPerl
  51     IOString
  52     libpng
  53     libmysqlclient
  54     openssl
  55   ];
  56
  57   # Ensure compatibility with GCC-11 (compilation fails if -Wno-format-security)
  58   hardeningDisable = [ "format" ];
  59
  60   meta = with lib; {
  61     homepage = "https://metacpan.org/dist/Bio-BigFile";
  62     description = "Manipulate Jim Kent's BigWig and BigBed index files for genomic features";
  63     license = licenses.artistic2;
  64     maintainers = with maintainers; [ apraga ];
  65   };
  66 }