lib/psn.conf

   1 ; This is the PsN configuration file. PsN will look for this file
   2 ; (psn.conf) at two different positions, in PsN installation directory
   3 ; and in either the user's home-directory (UNIX) or the user's desktop
   4 ; (Miscrosoft Windows). If a user-level configuration file is found,
   5 ; the settings in this file will override the settings in the
   6 ; system-wide configuration file. This is important to remember when
   7 ; trying to sort out a PsN-related problem.
   8
   9 ; Available output styles are SPLUS, MATLAB and EXCEL
  10 ; The only differences are:
  11 ;                   SPLUS        MATLAB       EXCEL
  12 ; missning_data      'NA'         'NaN'       ''
  13 ; Header row         yes           no          yes
  14 ;
  15 ; The default output style is EXCEL
  16 output_style = SPLUS
  17
  18 ; Path to R (if installed). This is a new feature in PsN 2.2.2 and
  19 ; enables automatic calculation of conditional weighted residuals
  20 ; (CWRES). This feature requires that Xpose version 4.0 preview
  21 ; release 5 is also installed.
  22 ;R = c:\progra~1\R-2.5.0\bin\R
  23
  24 ; Path to perl. This default to "C:\Perl\bin\perl.exe" on windows and
  25 ; simply 'perl' on unix.
  26 ; perl = c:\Perl\bin\perl.exe
  27
  28 ; These two lines should not be modified, they are used to disable
  29 ; experimental features of PsN.
  30 use_keyboard=0
  31 use_database=0
  32 ; Further experimental features
  33 ;database_server=localhost
  34 ;default_project=psn
  35 ;default_user=psn
  36
  37 ; Set the job polling interval to a value that is suitable to your
  38 ; system. The general rule is that the larger the distributed system
  39 ; gets, the longer the polling interval needs to be. Slow systems,
  40 ; i.e. small amount of RAM, low bandwidth network or slow filesystem
  41 ; need longer intervals. Single machine systems can use the default
  42 ; polling interval of one second.
  43 job_polling_interval=1
  44
  45 ; If you have an openMosix cluster system with varying number of
  46 ; available nodes, you may want to use the adaptive parallel processes
  47 ; feature of PsN. You will need a service running that keeps track of
  48 ; the available resources and the requested number of parallel
  49 ; jobs. Please contact the PsN development team to get a copy of our
  50 ; service tool called moshog.
  51
  52 ; Requests to the moshog service can be made after each job poll or
  53 ; less often.
  54 polls_per_moshog_request=5
  55
  56 ; The following lines are LSF options.
  57 ;remote_perl=some_path_to_a_perl_binary_working_on_remote_hosts
  58
  59 ; The follwing lines are UD options.
  60 ;ud_nonmem=nonmem.bat
  61
  62 ; The following lines are nordugrid options
  63 ; ng_clusters=some_path_to_a_file_with_cluster_names
  64
  65 ; The lines below are examples of how you can specify different
  66 ; installations of NONMEM. By default, PsN will use the NONMEM
  67 ; installation identified by the name 'default'. If only one
  68 ; installation is specified, this will be used by default even if it
  69 ; isn't called 'default'. To use other installations with the
  70 ; PsN-utilities scripts, use the "-nm_version" command line
  71 ; option. The last line is an example of how a windows installation
  72 ; could be configured (notice the use of a backslash(\) instead of a
  73 ; slash(/) )
  74
  75 [nm_versions]
  76 default=/opt/NONMEM/nmvi,6
  77 5=c:\nmv,5
  78 6=c:\nmvi,6
  79
  80 ; The compiler section specifies the name and compiler flags of the
  81 ; compiler executable. It is also possible to include a path. Like
  82 ; this:
  83 ; name=c:\fortran\fl32
  84
  85 [compiler]
  86 ; Gnu fortran compiler
  87 name=g77
  88 options=-W -O3
  89
  90 ;[compiler]
  91 ; Intel Fortran compiler
  92 ;name=ifort
  93 ;options=-O
  94
  95 ;[compiler]
  96 ;;MS Fortran Powerstation
  97 ;name=fl32
  98 ;options=/Ox /Op
  99
 100 ;[compiler]
 101 ;;Digitial Visual Fortran 5.0
 102 ;name=df
 103 ;options=/optimize:4 /fltconsistency /fpe:3
 104 ;options=/optimize:1 /fpe:0
 105
 106 [default_options]
 107 ; Options valid for all tools
 108
 109 threads=5
 110
 111 [default_execute_options]
 112 ; Options valid for execute
 113
 114 ; All correlations above this number will be listed
 115 correlation_limit=0.9
 116
 117 ; An error will be rised if the condition number is greater than this
 118 ; number.
 119
 120 condition_number_limit = 1000
 121
 122 ; If a parameter estimate is equal to a bound with this many
 123 ; significant digits, a warning will be printed.
 124
 125 near_bound_sign_digits = 2
 126
 127 ; When the bound is zero, the check above is not valid. Use this limit
 128 ; instead.
 129
 130 near_zero_boundary_limit = 0.001
 131
 132 ; The off-diagonal elements are checked against +-1 with this many
 133 ; significant digits.
 134
 135 sign_digits_off_diagonals = 2
 136
 137 ; Coefficients of variation larger than these numbers will produce
 138 ; warnings.
 139
 140 large_theta_cv_limit = 0.30
 141 large_omega_cv_limit = 0.50
 142 large_sigma_cv_limit = 0.30
 143
 144 ; Confidence level for confidence intervals (percentage value)
 145
 146 confidence_level = 95
 147
 148 ; Precision in -summarize output.
 149
 150 precision = 4
 151
 152 [default_llp_options]
 153 ; Options valid for llp
 154
 155 ; Check if the confidence intervals include this value
 156 within_interval_check = 0
 157
 158 ; Check if the CI limit distance ratio is above this value or below its reciprocal value
 159 theta_interval_ratio_check = 1.3
 160 omega_interval_ratio_check = 1.6
 161 sigma_interval_ratio_check = 1.6
 162
 163 [default_cdd_options]
 164 ; Options valid for cdd
 165
 166 ; Mark the cook-scores and covariance-ratios that lie outside this number of standard deviations
 167 outside_n_sd_check = 2
 168
 169 [default_bootstrap_options]
 170 ; Options valid for the bootstrap
 171
 172 ; Use these rules for calculating the bootstrap results
 173 skip_minimization_terminated = 1
 174 skip_covariance_step_terminated = 0
 175 skip_with_covstep_warnings = 0
 176 skip_estimate_near_boundary = 1
 177
 178 ; Warn if the ratio of successful minimizations/total runs is lower than this value
 179 minimization_successful_limit = 0.8
 180
 181 ; Warn if the ratio of successful covariance steps/total runs is lower than this value
 182 covariance_step_successful_limit = 0.8
 183
 184 ; Warn if the ratio of runs with covariance step warnings/total runs is higher than this value
 185 covariance_step_warnings_limit = 0.2
 186
 187 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 188 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 189
 190 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 191 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 192
 193 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap standerd errors (%)
 194 se_confidence_intervals_level = 5
 195
 196 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap percentiles (%)
 197 percentile_confidence_intervals_level = 5
 198
 199 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap BCa percentiles (%)
 200 bca_confidence_intervals_level = 5
 201
 202 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap standerd errors include this value
 203 se_confidence_intervals_check = 0
 204
 205 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap percentiles include this value
 206 percentile_confidence_intervals_check = 0
 207
 208 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap BCa percentiles include this value
 209 bca_confidence_intervals_check = 0
 210
 211 ; Warn if the absolute relative bias is larger than this value
 212 large_bias_limit = 0.05
 213
 214
 215