lib/psn.conf

   1 output_style = SPLUS
   2 ; Available output styles are SPLUS, MATLAB and EXCEL
   3 ; The only differences are:
   4 ;                   SPLUS        MATLAB       EXCEL
   5 ; missning_data      'NA'         'NaN'       ''
   6 ; Header row         yes           no          yes
   7 ;
   8 ; The default output style is EXCEL
   9
  10 ; These two lines should not be modified, they are used to disable
  11 ; experimental features of PsN.
  12 use_keyboard=0
  13 use_database=0
  14 ; Further experimental features
  15 ;database_server=localhost
  16 ;default_project=psn
  17 ;default_user=psn
  18
  19 ; The following lines are LSF options.
  20 remote_perl=some_path_to_a_perl_binary_working_on_remote_hosts
  21
  22 ; The following lines are nordugrid options
  23 ; ng_clusters=some_path_to_a_file_with_cluster_names
  24
  25 ; The lines below are examples of how you can specify different
  26 ; installations of NONMEM. By default, PsN will use the NONMEM
  27 ; installation identified by the name 'default'. If only one
  28 ; installation is specified, this will be used by default even if it
  29 ; isn't called 'default'. To use other installations with the
  30 ; PsN-utilities scripts, use the "-nm_version" command line
  31 ; option. The last line is an example of how a windows installation
  32 ; could be configured (notice the use of a backslash(\) instead of a
  33 ; slash(/) )
  34
  35 [nm_versions]
  36 default=c:/nmv
  37 5=c:/nmv
  38 6=c:/nmvi
  39
  40 ; The compiler section specifies the name and compiler flags of the
  41 ; compiler executable. It is also possible to include a path. Like
  42 ; this:
  43 ; name=c:\fortran\fl32
  44
  45 [compiler]
  46 ; Gnu fortran compiler
  47 name=g77
  48 options=-W -static -O
  49
  50 ;[compiler]
  51 ;;MS Fortran Powerstation
  52 ;name=fl32
  53 ;options=/Ox /Op
  54
  55 ;[compiler]
  56 ;;Digitial Visual Fortran 5.0
  57 ;name=df
  58 ;options=/optimize:4 /fltconsistency /fpe:3
  59 ;;options=/optimize:1 /fpe:0
  60
  61 [default_options]
  62 ; Options valid for all tools
  63
  64 threads=5
  65
  66 [default_execute_options]
  67 ; Options valid for execute
  68
  69 ; All correlations above this number will be listed
  70 correlation_limit=0.9
  71
  72 ; An error will be rised if the condition number is greater than this
  73 ; number.
  74
  75 condition_number_limit = 1000
  76
  77 ; If a parameter estimate is equal to a bound with this many
  78 ; significant digits, a warning will be printed.
  79
  80 near_bound_sign_digits = 2
  81
  82 ; When the bound is zero, the check above is not valid. Use this limit
  83 ; instead.
  84
  85 near_zero_boundary_limit = 0.001
  86
  87 ; The off-diagonal elements are checked against +-1 with this many
  88 ; significant digits.
  89
  90 sign_digits_off_diagonals = 2
  91
  92 ; Coefficients of variation larger than these numbers will produce
  93 ; warnings.
  94
  95 large_theta_cv_limit = 0.30
  96 large_omega_cv_limit = 0.50
  97 large_sigma_cv_limit = 0.30
  98
  99 ; Confidence level for confidence intervals (percentage value)
 100
 101 confidence_level = 95
 102
 103 ; Precision in -summarize output.
 104
 105 precision = 4
 106
 107 [default_llp_options]
 108 ; Options valid for llp
 109
 110 ; Check if the confidence intervals include this value
 111 within_interval_check = 0
 112
 113 ; Check if the CI limit distance ratio is above this value or below its reciprocal value
 114 theta_interval_ratio_check = 1.3
 115 omega_interval_ratio_check = 1.6
 116 sigma_interval_ratio_check = 1.6
 117
 118 [default_cdd_options]
 119 ; Options valid for cdd
 120
 121 ; Mark the cook-scores and covariance-ratios that lie outside this number of standard deviations
 122 outside_n_sd_check = 2
 123
 124 [default_bootstrap_options]
 125 ; Options valid for the bootstrap
 126
 127 ; Use these rules for calculating the bootstrap results
 128 skip_minimization_terminated = 1
 129 skip_covariance_step_terminated = 0
 130 skip_with_covstep_warnings = 0
 131 skip_estimate_near_boundary = 1
 132
 133 ; Warn if the ratio of successful minimizations/total runs is lower than this value
 134 minimization_successful_limit = 0.8
 135
 136 ; Warn if the ratio of successful covariance steps/total runs is lower than this value
 137 covariance_step_successful_limit = 0.8
 138
 139 ; Warn if the ratio of runs with covariance step warnings/total runs is higher than this value
 140 covariance_step_warnings_limit = 0.2
 141
 142 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 143 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 144
 145 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 146 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 147
 148 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap standerd errors (%)
 149 se_confidence_intervals_level = 5
 150
 151 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap percentiles (%)
 152 percentile_confidence_intervals_level = 5
 153
 154 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap BCa percentiles (%)
 155 bca_confidence_intervals_level = 5
 156
 157 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap standerd errors include this value
 158 se_confidence_intervals_check = 0
 159
 160 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap percentiles include this value
 161 percentile_confidence_intervals_check = 0
 162
 163 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap BCa percentiles include this value
 164 bca_confidence_intervals_check = 0
 165
 166 ; Warn if the absolute relative bias is larger than this value
 167 large_bias_limit = 0.05
 168
 169
 170