lib/psn.conf

   1 output_style = SPLUS
   2 ; Available output styles are SPLUS, MATLAB and EXCEL
   3 ; The only differences are:
   4 ;                   SPLUS        MATLAB       EXCEL
   5 ; missning_data      'NA'         'NaN'       ''
   6 ; Header row         yes           no          yes
   7 ;
   8 ; The default output style is EXCEL
   9
  10 ; These two lines should not be modified, they are used to disable
  11 ; experimental features of PsN.
  12 use_keyboard=0
  13 use_database=0
  14 ; Further experimental features
  15 ;database_server=localhost
  16 ;default_project=psn
  17 ;default_user=psn
  18
  19 ; The following lines are LSF options.
  20 remote_perl=some_path_to_a_perl_binary_working_on_remote_hosts
  21
  22 ; The following lines are nordugrid options
  23 ; ng_clusters=some_path_to_a_file_with_cluster_names
  24
  25 ; The lines below are examples of how you can specify different
  26 ; installations of NONMEM. By default, PsN will use the NONMEM
  27 ; installation identified by the name 'default'. If only one
  28 ; installation is specified, this will be used by default even if it
  29 ; isn't called 'default'. To use other installations with the
  30 ; PsN-utilities scripts, use the "-nm_version" command line
  31 ; option. The last line is an example of how a windows installation
  32 ; could be configured (notice the use of a backslash(\) instead of a
  33 ; slash(/) )
  34
  35 [nm_versions]
  36 default=c:/nmv
  37 5=c:/nmv
  38 6=c:/nmvi
  39
  40 ; The compiler section specifies the name and compiler flags of the
  41 ; compiler executable. It is also possible to include a path. Like
  42 ; this:
  43 ; name=c:\fortran\fl32
  44
  45 [compiler]
  46 ; Gnu fortran compiler
  47 name=g77
  48 options=-W -static -O
  49
  50 ;[compiler]
  51 ;;MS Fortran Powerstation
  52 ;name=fl32
  53 ;options=/Ox /Op
  54
  55 ;[compiler]
  56 ;;Digitial Visual Fortran 5.0
  57 ;name=df
  58 ;options=/optimize:4 /fltconsistency /fpe:3
  59 ;;options=/optimize:1 /fpe:0
  60
  61 ;[compiler]
  62 ; Intel Fortran
  63 ;name=ifort
  64 ;options=-O3
  65
  66 [default_options]
  67 ; Options valid for all tools
  68
  69 threads=5
  70
  71 [default_execute_options]
  72 ; Options valid for execute
  73
  74 ; All correlations above this number will be listed
  75 correlation_limit=0.9
  76
  77 ; An error will be rised if the condition number is greater than this
  78 ; number.
  79
  80 condition_number_limit = 1000
  81
  82 ; If a parameter estimate is equal to a bound with this many
  83 ; significant digits, a warning will be printed.
  84
  85 near_bound_sign_digits = 2
  86
  87 ; When the bound is zero, the check above is not valid. Use this limit
  88 ; instead.
  89
  90 near_zero_boundary_limit = 0.001
  91
  92 ; The off-diagonal elements are checked against +-1 with this many
  93 ; significant digits.
  94
  95 sign_digits_off_diagonals = 2
  96
  97 ; Coefficients of variation larger than these numbers will produce
  98 ; warnings.
  99
 100 large_theta_cv_limit = 0.30
 101 large_omega_cv_limit = 0.50
 102 large_sigma_cv_limit = 0.30
 103
 104 ; Confidence level for confidence intervals (percentage value)
 105
 106 confidence_level = 95
 107
 108 ; Precision in -summarize output.
 109
 110 precision = 4
 111
 112 [default_llp_options]
 113 ; Options valid for llp
 114
 115 ; Check if the confidence intervals include this value
 116 within_interval_check = 0
 117
 118 ; Check if the CI limit distance ratio is above this value or below its reciprocal value
 119 theta_interval_ratio_check = 1.3
 120 omega_interval_ratio_check = 1.6
 121 sigma_interval_ratio_check = 1.6
 122
 123 [default_cdd_options]
 124 ; Options valid for cdd
 125
 126 ; Mark the cook-scores and covariance-ratios that lie outside this number of standard deviations
 127 outside_n_sd_check = 2
 128
 129 [default_bootstrap_options]
 130 ; Options valid for the bootstrap
 131
 132 ; Use these rules for calculating the bootstrap results
 133 skip_minimization_terminated = 1
 134 skip_covariance_step_terminated = 0
 135 skip_with_covstep_warnings = 0
 136 skip_estimate_near_boundary = 1
 137
 138 ; Warn if the ratio of successful minimizations/total runs is lower than this value
 139 minimization_successful_limit = 0.8
 140
 141 ; Warn if the ratio of successful covariance steps/total runs is lower than this value
 142 covariance_step_successful_limit = 0.8
 143
 144 ; Warn if the ratio of runs with covariance step warnings/total runs is higher than this value
 145 covariance_step_warnings_limit = 0.2
 146
 147 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 148 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 149
 150 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 151 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 152
 153 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap standerd errors (%)
 154 se_confidence_intervals_level = 5
 155
 156 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap percentiles (%)
 157 percentile_confidence_intervals_level = 5
 158
 159 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap BCa percentiles (%)
 160 bca_confidence_intervals_level = 5
 161
 162 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap standerd errors include this value
 163 se_confidence_intervals_check = 0
 164
 165 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap percentiles include this value
 166 percentile_confidence_intervals_check = 0
 167
 168 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap BCa percentiles include this value
 169 bca_confidence_intervals_check = 0
 170
 171 ; Warn if the absolute relative bias is larger than this value
 172 large_bias_limit = 0.05
 173
 174
 175