t/SeqIO/asciitree.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9         use lib '.';
  10     use Bio::Root::Test;
  11
  12     test_begin(-tests => 2);
  13
  14         use_ok('Bio::SeqIO');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 # asciitree is a write-only format
  20 my $in = Bio::SeqIO->new(-format => 'genbank',
  21                                                 -verbose => $verbose,
  22                                                 -file => test_input_file('AE003644_Adh-genomic.gb'));
  23 my $seq = $in->next_seq;
  24
  25 my $out_file = test_output_file();
  26 my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">".$out_file,
  27                                                 -verbose => $verbose,
  28                                                 -format => 'asciitree');
  29 $out->write_seq($seq);
  30
  31 # this is a bug and is failing on some systems like IRIX (not sure why, maybe
  32 # File::Temp?)
  33
  34 if (-s $out_file) {
  35         ok(1, "File exists, has contents on ".$^O);
  36 } else {
  37         TODO: {
  38         local $TODO = "Output doesn't exists on ".$^O;
  39                 ok(-s $out_file);
  40         }
  41 }