t/AlignIO/nexus.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: nexus.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 43);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::nexus');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # NEXUS
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20    '-file' => test_input_file('testaln.nexus'),
  21                           '-format' => 'nexus');
  22 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapiens/1-45';
  26 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => ">".test_output_file(),
  27                             '-format' => 'nexus', );
  28 $status = $strout->write_aln($aln);
  29 is $status, 1, "nexus output test";
  30
  31 $str = Bio::AlignIO->new(
  32    '-file' => test_input_file('Bird_Ovomucoids.nex'),
  33                           '-format' => 'nexus');
  34 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  35 $aln = $str->next_aln();
  36 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  37 $str = Bio::AlignIO->new(
  38    '-file' => test_input_file('basic-ladder.nex'),
  39                           '-format' => 'nexus');
  40 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  41 $aln = $str->next_aln();
  42 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  43 $str = Bio::AlignIO->new(
  44    '-file' => test_input_file('Kingdoms_DNA.nex'),
  45                           '-format' => 'nexus');
  46 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  47 $aln = $str->next_aln();
  48 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  49 $str = Bio::AlignIO->new(
  50   '-file' => test_input_file('char-interleave.nex'),
  51                           '-format' => 'nexus');
  52 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  53 $aln = $str->next_aln();
  54 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  55 $str = Bio::AlignIO->new(
  56    '-file' => test_input_file('Primate_mtDNA.nex'),
  57                           '-format' => 'nexus');
  58 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  59 $aln = $str->next_aln();
  60 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  61 $str = Bio::AlignIO->new(
  62    '-file' => test_input_file("char-matrix-spaces.nex"),
  63                           '-format' => 'nexus');
  64 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  65 $aln = $str->next_aln();
  66 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  67 $str = Bio::AlignIO->new(
  68    '-file' => test_input_file("SPAN_Family4nl.nex"),
  69                           '-format' => 'nexus');
  70 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  71 $aln = $str->next_aln();
  72 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  73 $str = Bio::AlignIO->new(
  74    '-file' => test_input_file("intrablock-comment.nex"),
  75                           '-format' => 'nexus');
  76 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  77 $aln = $str->next_aln();
  78 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  79 $str = Bio::AlignIO->new(
  80    '-file' => test_input_file("SPAN_Family7n.nex"),
  81                           '-format' => 'nexus');
  82 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  83 $aln = $str->next_aln();
  84 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  85 $str = Bio::AlignIO->new(
  86    '-file' => test_input_file("long-names.nex"),
  87                           '-format' => 'nexus');
  88 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  89 $aln = $str->next_aln();
  90 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  91 $str = Bio::AlignIO->new(
  92    '-file' => test_input_file("SPAN_Family8a.nex"),
  93                           '-format' => 'nexus');
  94 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  95 $aln = $str->next_aln();
  96 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  97 $str = Bio::AlignIO->new(
  98    '-file' => test_input_file("multiline-intrablock-comment.nex"),
  99                           '-format' => 'nexus');
 100 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 101 $aln = $str->next_aln();
 102 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 103 $str = Bio::AlignIO->new(
 104   '-file' => test_input_file("Treebase-chlamy-dna.nex"),
 105                           '-format' => 'nexus');
 106 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 107 $aln = $str->next_aln();
 108 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 109 $str = Bio::AlignIO->new(
 110   '-file' => test_input_file("quoted-strings1.nex"),
 111                           '-format' => 'nexus');
 112 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 113 $aln = $str->next_aln();
 114 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 115 $str = Bio::AlignIO->new(
 116    '-file' => test_input_file("UnaSmithHIV-both.nex"),
 117                           '-format' => 'nexus');
 118 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 119 $aln = $str->next_aln();
 120 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 121 $str = Bio::AlignIO->new(
 122   '-file' => test_input_file("quoted-strings2.nex"),
 123                           '-format' => 'nexus');
 124 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 125 $aln = $str->next_aln();
 126 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 127 $str = Bio::AlignIO->new(
 128    '-file' => test_input_file("barns-combined.nex"),
 129                           '-format' => 'nexus');
 130 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 131 $aln = $str->next_aln();
 132 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 133 $str = Bio::AlignIO->new(
 134    '-file' => test_input_file("radical-whitespace.nex"),
 135                           '-format' => 'nexus');
 136 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 137 $aln = $str->next_aln();
 138 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 139 $str = Bio::AlignIO->new(
 140    '-file' => test_input_file("basic-bush.nex"),
 141                           '-format' => 'nexus');
 142 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
 143 $aln = $str->next_aln();
 144 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
 145 $str = Bio::AlignIO->new(
 146   '-file' => test_input_file("radical-whitespace_02.nex"),
 147                           '-format' => 'nexus');