t/LocalDB/Taxonomy/greengenes.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5     test_begin( -tests => 38 );
   6     use_ok('Bio::DB::Taxonomy');
   7     use_ok('Bio::Tree::Tree');
   8 }
   9
  10
  11 my ($db, $id, @ids, $node, $node2, $ancestor, @children, %common_names, $tree, @descs);
  12
  13
  14 # Test Bio::DB::Taxonomy::greengenes
  15
  16 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new( -source => 'greengenes' );
  17
  18 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::greengenes';
  19 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy::list';
  20 isa_ok $db, 'Bio::DB::Taxonomy';
  21
  22 ok $db = Bio::DB::Taxonomy->new(
  23    -source   => 'greengenes',
  24    -taxofile => test_input_file('taxonomy', 'greengenes_taxonomy_16S_candiv_gg_2011_1.txt'),
  25 );
  26
  27 @ids = $db->get_taxonid('Homo sapiens');
  28 is scalar @ids, 0;
  29
  30 @ids = $db->get_taxonid('s__Bacteroides uniformis');
  31 is scalar @ids, 1;
  32 $id = $ids[0];
  33
  34 ok $node = $db->get_taxon($id);
  35 is $node->id, $id;
  36 is $node->object_id, $node->id;
  37 is $node->ncbi_taxid, undef;
  38 is $node->rank, 'species';
  39 is $node->parent_id, 'gg6';
  40 is $node->node_name, 's__Bacteroides uniformis';
  41 is $node->scientific_name, $node->node_name;
  42
  43 is ${$node->name('scientific')}[0], $node->node_name;
  44
  45 %common_names = map { $_ => 1 } $node->common_names;
  46 is scalar keys %common_names, 0;
  47
  48 is $node->division, undef;
  49 is $node->genetic_code, undef;
  50 is $node->mitochondrial_genetic_code, undef;
  51
  52 # briefly test some Bio::Tree::NodeI methods
  53 ok $ancestor = $node->ancestor;
  54 is $ancestor->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  55
  56 # unless set explicitly, Bio::Taxon doesn't return anything for
  57 # each_Descendent; must ask the database directly
  58 ok @children = $ancestor->db_handle->each_Descendent($ancestor);
  59 is scalar @children, 2;
  60
  61 # do some trickier things...
  62 ok $node2 = $db->get_taxon('gg104');
  63 is $node2->scientific_name, 'o__Synergistales';
  64
  65 # briefly check that we can use some Tree methods
  66 $tree = Bio::Tree::Tree->new();
  67 is $tree->get_lca($node, $node2)->scientific_name, 'k__Bacteria';
  68
  69 # can we actually form a Tree and use other Tree methods?
  70 ok $tree = Bio::Tree::Tree->new(-node => $node);
  71 is $tree->number_nodes, 7;
  72 is $tree->get_nodes, 7;
  73 is $tree->find_node(-rank => 'genus')->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  74 is $tree->find_node(-rank => 'class')->scientific_name, 'c__Bacteroidia';
  75
  76 # check that getting the ancestor still works now we have explitly set the
  77 # ancestor by making a Tree
  78 is $node->ancestor->scientific_name, 'g__Bacteroides';
  79
  80 # we can recursively fetch all descendents of a taxon
  81 my $lca = $db->get_taxon( -name => 'f__Enterobacteriaceae' );
  82 ok @descs = $db->each_Descendent($lca);
  83 is scalar @descs, 2;
  84 @descs = $db->get_all_Descendents($lca);
  85 is scalar @descs, 3;
  86
  87