t/RemoteDB/GenPept.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 21,
  10                            -requires_modules => [qw(IO::String
  11                                                                             LWP::UserAgent
  12                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  13                            -requires_networking => 1);
  14
  15         use_ok('Bio::DB::GenPept');
  16 }
  17
  18 my %expected_lengths = (
  19     'AAC06201'  => 353,
  20     'AAD15290'  => 136,
  21     'P31383'    => 635,
  22     '2AAA_YEAST' => 635
  23 );
  24
  25 my ($gb, $seq, $seqio);
  26
  27 #
  28 # Bio::DB::GenPept
  29 #
  30 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new();
  31 SKIP: {
  32     eval {$seqio = $gb->get_seq_stream(-uids => [2981015, 1621261, 195055], -mode => 'batch');};
  33     skip "Couldn't connect to complete GenPept tests. Skipping those tests", 8 if $@;
  34     my %result = ('AAC06201' => 353, 'CAB02640' => 193, 'AAD15290' => 136);
  35     my $ct = 0;
  36     while ($seq = $seqio->next_seq) {
  37                 $ct++;
  38                 my $acc = $seq->accession;
  39         ok exists $result{ $acc };
  40         is $seq->length, $result{ $acc };
  41                 delete $result{$acc};
  42     }
  43     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
  44         is $ct, 3;
  45     is %result, 0;
  46 }
  47
  48 $seq = $seqio = undef;
  49
  50 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new('-delay' => 0);
  51 SKIP: {
  52     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('195055');};
  53     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 10 if $@;
  54     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  55     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AAC06201');};
  56     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 9 if $@;
  57     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  58     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(AAC06201 195055)]);};
  59     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
  60     my $done = 0;
  61     while( my $s = $seqio->next_seq ) {
  62         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  63         $done++;
  64     }
  65     skip('No seqs returned', 8) if !$done;
  66     is $done, 2;
  67     # swissprot genpept parsing
  68     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('P31383');};
  69     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  70     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  71
  72     # test dbsource stuff
  73     # small chance this might change but hopefully not
  74     my @annot = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
  75     cmp_ok(scalar(@annot), '>', 31);
  76     is $annot[0]->database, 'UniProtKB';
  77     is $annot[0]->primary_id, '2AAA_YEAST';
  78     is (($seq->annotation->get_Annotations('swissprot_dates'))[0]->value, 'Jul 1, 1993');
  79 }