t/RemoteDB/SeqVersion.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(    #-tests => 10,
  10         -requires_modules => [qw(LWP::UserAgent HTML::TableExtract)]
  11     );
  12
  13     use_ok('Bio::DB::SeqVersion');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = $ENV{BIOPERLDEBUG} || 0;
  17
  18 ok my $query = Bio::DB::SeqVersion->new( -type => 'gi' );
  19
  20 SKIP: {
  21     test_skip( -tests => 8, -requires_networking => 1 );
  22
  23     throws_ok { $query->get_history('DODGY_ID_WHICH_SHOULD_FAIL') }
  24     qr/ID likely does not exist|No table found/i, 'throw on bad ID';
  25
  26     my $latest_gi = $query->get_recent(2);
  27     is($latest_gi, 2, 'get_recent');
  28     is($query->get_status(2), 'live');
  29
  30     my @all_gis = $query->get_all(2);
  31     cmp_ok(@all_gis, '>=', 8, 'get_all');
  32     is($query->get_status(2), 'live');
  33
  34     $latest_gi = $query->get_recent('A00002');
  35     is($latest_gi, 2, 'get_recent, string');
  36     is($query->get_status('A00002'), 'live');
  37
  38     $latest_gi = $query->get_recent(27478738);
  39     is($latest_gi, 42659163, 'get_recent, integer');
  40     is($query->get_status(27478738), 'suppressed');
  41
  42     # check that default type is "gi"
  43     ok $query = Bio::DB::SeqVersion->new();
  44     ok my $ref = $query->get_history(3245);
  45     is($ref->[0]->[0], 578167, 'get_history');
  46     is($query->get_status('3245'), 'suppressed');
  47 }
  48
  49 done_testing();