t/SearchIO/SimilarityPair.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 12);
  10
  11         use_ok('Bio::SearchIO');
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 # test SimilarityPair
  16
  17 ok my $seq = (Bio::SeqIO->new('-format' => 'fasta',
  18                           '-file' => test_input_file('AAC12660.fa')))->next_seq();
  19 isa_ok $seq, 'Bio::SeqI';
  20 ok my $blast = Bio::SearchIO->new('-file'=>test_input_file('blast.report'), '-format' => 'blast');
  21 isa_ok $blast, 'Bio::SearchIO';
  22 my $r = $blast->next_result;
  23 ok my $hit = $r->next_hit;
  24 isa_ok $hit, 'Bio::Search::Hit::HitI';
  25 ok my $sim_pair = $hit->next_hsp;
  26 isa_ok $sim_pair, 'Bio::SeqFeatureI';
  27 ok $seq->add_SeqFeature($sim_pair);
  28 is $seq->all_SeqFeatures(), 1;