t/SearchIO/exonerate.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_exonerate.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin( -tests => 52 );
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my ( $searchio, $result, $hit, $hsp );
  15
  16 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  17     -file   => test_input_file('testdat.exonerate'),
  18     -format => 'exonerate'
  19 );
  20 my @data = (
  21     [
  22         qw(ln27 416 Contig124 939
  23           293 416 -1
  24           1   124 1
  25
  26           107 292 -1
  27           178 363 1
  28
  29           66 106 -1
  30           899 939 1
  31           )
  32     ],
  33     [
  34         qw(ln74 644 Contig275 1296
  35           601 644 -1
  36           901 944 1
  37
  38           436 600 -1
  39           998 1162    1
  40
  41           386 435 -1
  42           1247 1296 1
  43
  44           )
  45     ]
  46 );
  47
  48 my $val;
  49
  50 while ( my $r = $searchio->next_result ) {
  51     my $d = shift @data;
  52     is( $r->query_name, shift @$d );
  53   SKIP: {
  54         $val = shift @$d;
  55         skip( 'no query length available in default output', 1 );
  56         is( $r->query_length, $val );
  57     }
  58
  59     my $h = $r->next_hit;
  60     is( $h->name, shift @$d );
  61   SKIP: {
  62         $val = shift @$d;
  63         skip( 'no hit length available in default output', 1 );
  64         is( $h->length, $val );
  65     }
  66     while ( my $hsp = $h->next_hsp ) {
  67         is( $hsp->query->start,  shift @$d );
  68         is( $hsp->query->end,    shift @$d );
  69         is( $hsp->query->strand, shift @$d );
  70
  71         is( $hsp->hit->start,  shift @$d );
  72         is( $hsp->hit->end,    shift @$d );
  73         is( $hsp->hit->strand, shift @$d );
  74     }
  75 }
  76
  77 # bug 2346
  78
  79 my @cts = (7, 1, 7);
  80
  81 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  82    -format => 'exonerate',
  83    -file   => test_input_file('exonerate.output.works'),
  84 );
  85 parse($searchio);
  86
  87 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  88    -format => 'exonerate',
  89    -file   => test_input_file('exonerate.output.dontwork'),
  90 );
  91 parse($searchio);
  92
  93 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  94    -format => 'exonerate',
  95    -file   => test_input_file('exonerate.whitespace_before_query.works'),
  96 );
  97 parse($searchio);
  98
  99 sub parse {
 100     my ($searchio) = @_;
 101     while( my $r = $searchio->next_result ) {
 102         my $hsp_ct = 0;
 103         while(my $hit = $r->next_hit){
 104             while(my $hsp = $hit->next_hsp){
 105                 $hsp_ct++;
 106             }
 107         }
 108         ok($r->query_name, "query_name");
 109         is($hsp_ct, shift @cts);
 110     }
 111 }
 112
 113 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 114     -format => 'exonerate',
 115     -file   => test_input_file('exonerate.output.negativescore.works'),
 116 );
 117 my $r   = $searchio->next_result;
 118 $hit = $r->next_hit;
 119 is( $hit->score, "-3" );