t/SeqFeature/Computation.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 12);
  10
  11     use_ok('Bio::SeqFeature::Computation');
  12 }
  13
  14 my ($comp_obj1, $comp_obj2, @sft);
  15
  16 ok $comp_obj1 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  17     -start => 1,
  18     -end   => 10,
  19 );
  20
  21 is $comp_obj1->computation_id(332), 332, 'computation id';
  22
  23 ok $comp_obj1->add_score_value('P', 33), 'score value';
  24
  25 ok $comp_obj2 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  26     -start => 2,
  27     -end   => 10,
  28 );
  29
  30 ok $comp_obj1->add_SeqFeature($comp_obj2, 'exon');
  31 ok @sft = $comp_obj1->get_all_SeqFeature_types();
  32
  33 is $sft[0], 'exon', 'sft[0] is exon';
  34
  35
  36 ok $comp_obj1 = Bio::SeqFeature::Computation->new(
  37     -start => 10,
  38     -end => 100,
  39     -strand => -1,
  40     -primary => 'repeat',
  41     -program_name => 'GeneMark',
  42     -program_date => '12-5-2000',
  43     -program_version => 'x.y',
  44     -database_name => 'Arabidopsis',
  45     -database_date => '12-dec-2000',
  46     -computation_id => 2231,
  47     -score    => { no_score => 334 },
  48 );
  49
  50 is $comp_obj1->computation_id, 2231, 'computation id';
  51 ok $comp_obj1->add_score_value('P', 33);
  52 is ( ($comp_obj1->each_score_value('no_score'))[0], '334', 'score value');