t/SeqFeature/Range.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 49);
  10
  11     use_ok('Bio::Range');
  12 }
  13
  14 my $range = Bio::Range->new(-start=>10,
  15                             -end=>20,
  16                                                     -strand=>1);
  17
  18 isa_ok($range,'Bio::Range', 'BioRange object');
  19 is($range->strand, 1);
  20
  21 my $range2 = Bio::Range->new(-start=>15,
  22                              -end=>25,
  23                                                      -strand=>1);
  24
  25 isa_ok($range2,'Bio::Range', 'BioRange object');
  26 is($range2->strand, 1);
  27
  28 my $r = Bio::Range->new();
  29 is ( $r->strand(0), 0 ) ;
  30 is ( $r->start(27), 27 );
  31 is ( $r->end(28), 28 ) ;
  32
  33 ok(! defined $r->intersection($range2));
  34
  35 $r = $range->union($range2);
  36 is($r->start, 10);
  37 is($r->end, 25);
  38
  39 $r = $range->intersection($range2);
  40 is ( $r->start, 15  ) ;
  41 is ( $r->end, 20    );
  42 is ( $r->strand, 1  );
  43
  44 # intersection and union can also take lists
  45 my $range3 = Bio::Range->new(-start=>18,-end=>30);
  46 isa_ok($range3,'Bio::Range', 'BioRange object');
  47
  48 $r = $range->intersection([$range2, $range3]);
  49 ok( ( $r->start == 18 ) && ( $r->end == 20 ));
  50 $r = Bio::Range->intersection([$range, $range2, $range3]);
  51 ok($r->start == 18 && $r->end == 20);
  52 $r = $range->union($range2, $range3);
  53 ok( ( $r->start == 10 ) && ( $r->end == 30 ) );
  54 $r = Bio::Range->union($range, $range2, $range3);
  55 ok( ( $r->start == 10 ) && ( $r->end == 30 ) );
  56 $range3->start(21);
  57 ok (! $range->intersection([$range2, $range3]));
  58
  59 ok (! $range->contains($range2));
  60 ok (! $range2->contains($range));
  61 ok ($range->overlaps($range2));
  62 ok ($range2->overlaps($range));
  63
  64 # testing strand
  65 $range3 = Bio::Range->new(-start => 15,
  66                            -end => 25,
  67                                                    -strand => 1);
  68
  69 my $range4 = Bio::Range->new(-start => 15,
  70                                                     -end => 25,
  71                                                         -strand => -1);
  72
  73 isa_ok($range4,'Bio::Range', 'BioRange object');
  74
  75 my $range5 = Bio::Range->new(-start => 15,
  76                              -end => 25,
  77                                                      -strand => 0);
  78
  79 isa_ok($range5,'Bio::Range', 'BioRange object');
  80
  81 my $range6 = Bio::Range->new(-start => 20,
  82                                                          -end => 30,
  83                                                          -strand => -1);
  84
  85 isa_ok($range6,'Bio::Range', 'BioRange object');
  86
  87 ok $range3->_ignore($range4), ' 1 & -1' ;
  88 ok $range3->_weak($range3),' 1 & 1 true' ;
  89 ok $range3->_weak($range5), ' 1 & 0 true' ;
  90 ok (! $range3->_weak($range4), ' 1 & -1 false' );
  91 ok $range3->_strong($range3), ' 1 & 1 true' ;
  92 ok (! $range3->_strong($range5), ' 1 & 0 false' );
  93 ok (! $range3->_strong($range4), ' 1 & -1 false' );
  94
  95 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
  96 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
  97 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
  98 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
  99
 100 $range3->strand(0);
 101
 102 ok  ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
 103 ok  ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
 104 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
 105 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
 106
 107 # if strands are different then intersection() should return 0...
 108 $r = $range3->intersection($range4);
 109 is ( $r->strand, 0 );
 110
 111 # or if both strands are -1 then -1 should be returned
 112 $r = $range6->intersection($range4);
 113 is ( $r->strand, -1 );
 114
 115 # test implemention of offsetStranded:
 116 $r = Bio::Range->new(-start => 30, -end => 40, -strand => -1);
 117 isa_ok($r, 'Bio::Range', 'Bio::Range object') ;
 118 is ($r->offsetStranded(-5,10)->toString, '(20, 45) strand=-1');
 119 is ($r->offsetStranded(+5,-10)->toString, '(30, 40) strand=-1');
 120 $r->strand(1);
 121 is ($r->offsetStranded(-5,10)->toString, '(25, 50) strand=1');
 122 is ($r->offsetStranded(+5,-10)->toString, '(30, 40) strand=1');