t/SeqFeature/SubSeq.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use Bio::Root::Test;
   5
   6     test_begin(-tests => 37);
   7
   8     use_ok 'Bio::PrimarySeq';
   9     use_ok 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  10 }
  11
  12 my ($subseq, $subseq_seq, $subsubseq, $subsubseq_seq, $template);
  13
  14
  15 # Basic SubSeq object
  16
  17 $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new();
  18 isa_ok $subseq, 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  19 isa_ok $subseq, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  20 is $subseq->length, undef;
  21
  22
  23 # SubSeq with explicit sequence (sequence string)
  24
  25 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  26     -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT',
  27 );
  28 is $subseq->length, 20;
  29 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  30 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  31 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  32
  33
  34 # SubSeq with explicit sequence (sequence object)
  35
  36 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  37     -seq => Bio::PrimarySeq->new( -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' ),
  38 );
  39 is $subseq->length, 20;
  40 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  41 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  42 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  43
  44
  45 # SubSeq with explicit sequence and coordinates
  46
  47 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  48     -seq    => Bio::PrimarySeq->new( -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' ),
  49     -start  => 11,
  50     -end    => 40,
  51     -strand => -1
  52 );
  53 is $subseq->length, 30;
  54 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  55 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  56 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  57
  58
  59 # Subseq with implicit sequence
  60
  61 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'ATCGATCGATCCCCCAAAAAGGGGGTTTTTAGCTAGCTAT');
  62
  63 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  64     -start  => 11,
  65     -end    => 30,
  66     -strand => -1
  67 );
  68 is $subseq->length, 20;
  69
  70 ok $template->add_SeqFeature($subseq);
  71 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  72 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  73 is $subseq_seq->seq, 'AAAAACCCCCTTTTTGGGGG';
  74
  75
  76 # Subseq with implicit sequence
  77
  78 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'ATCGATCGATCCCCCAAAAAGGGGGTTTTTAGCTAGCTAT');
  79
  80 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  81     -start    => 11,
  82     -end      => 30,
  83     -strand   => -1,
  84     -template => $template,
  85 );
  86 is $subseq->length, 20;
  87 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  88 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  89 is $subseq_seq->seq, 'AAAAACCCCCTTTTTGGGGG';
  90
  91
  92 # Sub SubSeq
  93
  94 ok $subsubseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  95     -start    => 11,
  96     -end      => 15,
  97     -strand   => 1,
  98     -template => $subseq,
  99 );
 100 is $subsubseq->length, 5;
 101 ok $subsubseq_seq = $subsubseq->seq;
 102 isa_ok $subsubseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
 103 is $subsubseq_seq->seq, 'CCCCC';
 104
 105
 106 # One-liner
 107
 108 is( Bio::SeqFeature::SubSeq->new(-start=>11,-end=>30,-strand=>1,-template=>$template)->seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' );