t/SeqIO/agave.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests               => 8,
  10                            -requires_module     => 'XML::Writer',
  11                            -requires_networking => 0,
  12                           );
  13
  14         use_ok('Bio::SeqIO::agave');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 TODO: {
  20         my $format = 'agave';
  21         todo_skip "No tests for $format format -- no sample file to test against", 7, if 1;
  22
  23         my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => test_input_file("test.$format"),
  24                                                                 -format => $format);
  25
  26         isa_ok($seqio_obj, 'Bio::SeqIO');
  27
  28         my @methods = qw(next_seq write_seq);
  29         foreach my $method (@methods) {
  30                 can_ok($seqio_obj, $method) ||
  31                         diag "$method method not implemented for $format";
  32         }
  33
  34         # checking the first sequence object
  35         my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq();
  36         isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq');
  37         my %expected = ('seq'         => '' .
  38                                         'length'      => '',
  39                                         'primary_id'  => '',
  40                                         'description' => qr(),
  41                                    );
  42         is   ($seq_obj->seq(),         $expected{'seq'},         'sequence');
  43         is   ($seq_obj->length(),      $expected{'length'},      'length');
  44         is   ($seq_obj->primary_id(),  $expected{'primary_id'},  'primary_id');
  45         like ($seq_obj->description(), $expected{'description'}, 'description');
  46 }