t/SeqIO/fastq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin( -tests => 149 );
  10
  11     use_ok('Bio::SeqIO::fastq');
  12     use_ok('Bio::Seq::Quality');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 # simple parsing, data conversion of fastq example files
  18
  19 my %example_files = (
  20     bug2335               => {
  21         'variant'       => 'sanger',
  22         'seq'           => 'TTGGAATGTTGCAAATGGGAGGCAGTTTGAAATACTGAATAGGCCTCATC'.
  23                            'GAGAATGTGAAGTTTCAGTAAAGACTTGAGGAAGTTGAATGAGCTGATGA'.
  24                            'ATGGATATATG',
  25         'qual'          => '31 23 32 23 31 22 27 28 32 24 25 23 30 25 2 21 33 '.
  26                            '29 9 17 33 27 27 27 25 33 29 9 28 32 27 7 27 21 '.
  27                            '26 21 27 27 17 26 23 31 23 32 24 27 27 28 27 28 '.
  28                            '28 27 27 31 23 23 28 27 27 32 23 27 35 30 12 28 '.
  29                            '27 27 25 33 29 10 27 28 28 33 25 27 27 31 23 34 '.
  30                            '27 27 32 24 27 30 22 24 28 24 27 28 27 26 28 27 '.
  31                            '28 32 24 28 33 25 23 27 27 28 27 28 26',
  32         'display_id'    => 'DS6BPQV01A2G0A',
  33         'desc'          => undef,
  34         'count'         => 1
  35         },
  36     RT98876             => {
  37         'variant'       => 'sanger',
  38         'seq'           => 'CCGCCATTTCTTCAAATCTTTTCTTTTCTTTAGGAGTCATCAATTTCCAT'.
  39                            'TTCTCTGCACATTTCTTTGAAAATTA',
  40         'qual'          => '31 34 34 34 34 34 34 34 34 33 34 34 34 34 34 34 '.
  41                            '34 34 34 34 34 32 32 34 34 34 34 34 34 34 34 34 '.
  42                            '30 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 32 32 '.
  43                            '34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 '.
  44                            '34 34 34 34 33 30 30 27 33 34 29 2',
  45         'display_id'    => 'Illumina_SRR125365.38',
  46         'desc'          => 's_5_1_0001_qseq_37 length=76',
  47         'count'         => 1
  48         },
  49     test1_sanger            => {
  50         'variant'       => 'sanger',
  51         'seq'           => 'TATTGACAATTGTAAGACCACTAAGGATTTTTGGGCGGCAGCGACTTGGA'.
  52                            'GCTCTTGTAAAAGCGCACTGCGTTCCTTTTCTTTATTCTTTTGATCTTGA'.
  53                            'GAATCTTCTAAAAATGCCGAAAAGAAATGTTGGGAAGAGAGCGTAATCAG'.
  54                            'TTTAGAAATGCTCTTGATGGTAGCTTTATGTTGATCCATTCTTCTGCCTC'.
  55                            'CTTTACGAATAAAATAGAATAAAACTCAAATGACTAATTACCTGTATTTT'.
  56                            'ACCTAATTTTGTGATAAAATTCAAGAAAATATGTTCGCCTTCAATAATTA'.
  57                            'TG',
  58         'qual'          => '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 40 38 40 40 37 '.
  59                            '37 37 39 39 40 39 39 39 39 39 37 33 33 33 33 33 '.
  60                            '39 39 34 29 28 28 38 39 39 39 39 39 39 37 37 37 '.
  61                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  62                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 38 '.
  63                            '38 29 29 29 34 38 37 37 33 33 33 33 37 37 37 37 '.
  64                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  65                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  66                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  67                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  68                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 38 38 '.
  69                            '38 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  70                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 34 34 34 38 38 37 37 '.
  71                            '37 37 37 37 37 37 37 37 40 40 40 40 38 38 38 38 '.
  72                            '40 40 40 38 38 38 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 '.
  73                            '38 38 38 38 38 32 25 25 25 25 30 30 31 32 32 31 '.
  74                            '31 31 31 31 31 31 31 31 19 19 19 19 19 22 22 31 '.
  75                            '31 31 31 31 31 31 31 32 32 31 32 31 31 31 31 31 '.
  76                            '31 25 25 25 28 28 30 30 30 30 30 31 31 32',
  77         'display_id'    => 'SRR005406.250',
  78         'desc'          => 'FB9GE3J10F6I2T length=302',
  79         'count'         => 250
  80                                 },
  81     test2_solexa            => {
  82         'variant'       => 'solexa',
  83         'seq'           => 'GTATTATTTAATGGCATACACTCAA',
  84         'qual'          => '25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 23 25 25 25 25 23 '.
  85                            '25 23 23 21 23 23 23 17 17',
  86         'display_id'    => 'SLXA-B3_649_FC8437_R1_1_1_183_714',
  87         'desc'          => undef,
  88         'count'         => 5
  89                                 },
  90     test3_illumina          => {
  91         'variant'       => 'illumina',
  92         'seq'           => 'CCAAATCTTGAATTGTAGCTCCCCT',
  93         'qual'          => '15 19 24 15 17 24 24 24 24 24 19 24 24 21 24 24 '.
  94                            '20 24 24 24 24 20 18 13 19',
  95         'display_id'    => 'FC12044_91407_8_200_285_136',
  96         'desc'          => undef,
  97         'count'         => 25
  98                                 },
  99     example                 => {
 100         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 101         'seq'           => 'GTTGCTTCTGGCGTGGGTGGGGGGG',
 102         'qual'          => '26 26 26 26 26 26 26 26 26 26 26 24 26 22 26 26 '.
 103                            '13 22 26 18 24 18 18 18 18',
 104         'display_id'    => 'EAS54_6_R1_2_1_443_348',
 105         'desc'          => undef,
 106         'count'         => 3
 107                                 },
 108     illumina_faked          => {
 109         'variant'       => 'illumina',
 110         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 111         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 '.
 112                            '21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 113         'display_id'    => 'Test',
 114         'desc'          => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 115         'count'         => 1
 116                                 },
 117     sanger_93               => {
 118         'variant'       => 'sanger',
 119         'seq'           => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAC'.
 120                            'TGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 121         'qual'          => '93 92 91 90 89 88 87 86 85 84 83 82 81 80 79 78 77 76 75 '.
 122                            '74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 '.
 123                            '55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37 '.
 124                            '36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 '.
 125                            '17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 126         'display_id'    => 'Test',
 127         'desc'          => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 128         'count'         => 1
 129                                 },
 130     sanger_faked            => {
 131         'variant'       => 'sanger',
 132         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 133         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 '.
 134                            '21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 135         'display_id'    => 'Test',
 136         'desc'          => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 137         'count'         => 1
 138                                 },
 139     solexa_example          => {
 140         'variant'       => 'solexa',
 141         'seq'           => 'GTATTATTTAATGGCATACACTCAA',
 142         'qual'          => '25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 23 25 25 25 25 23 '.
 143                            '25 23 23 21 23 23 23 17 17',
 144         'display_id'    => 'SLXA-B3_649_FC8437_R1_1_1_183_714',
 145         'desc'          => undef,
 146         'count'         => 5
 147                                 },
 148     solexa_faked            => {
 149         'variant'       => 'solexa',
 150         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 151         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 '.
 152                            '24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 '.
 153                            '8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1',
 154         'display_id'    => 'slxa_0001_1_0001_01',
 155         'desc'          => undef,
 156         'count'         => 1
 157                                 },
 158     tricky                  => {
 159         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 160         'seq'           => 'TGGGAGGTTTTATGTGGAAAGCAGCAATGTACAAGA',
 161         'qual'          => '40 40 40 40 40 40 40 13 40 40 40 40 40 40 16 31 '.
 162                            '19 19 31 12 22 13 4 27 5 10 14 3 14 4 19 7 10 10 '.
 163                            '7 4',
 164         'display_id'    => '071113_EAS56_0053:1:3:990:501',
 165         'desc'          => undef,
 166         'count'         => 4
 167                                 },
 168     evil_wrapping           => {
 169         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 170         'seq'           => 'AACCCGTCCCATCAAAGATTTTGGTTGGAACCCGAAAGGGTTTTGAATTC'.
 171                            'AAACCCCTTTCGGTTCCAACTATTCAATTGTTTAACTTTTTTTAAATTGA'.
 172                            'TGGTCTGTTGGACCATTTGTAATAATCCCCATCGGAATTTCTTT',
 173         'qual'          => '32 26 31 26 4 22 20 30 25 2 27 27 24 36 32 16 '.
 174                            '26 28 36 32 18 4 33 26 33 26 32 26 33 26 31 26 '.
 175                            '4 24 36 32 16 36 32 16 36 32 18 4 27 33 26 32 26 '.
 176                            '23 36 32 15 35 31 18 3 36 32 16 28 33 26 32 26 33 '.
 177                            '26 33 26 25 28 25 33 26 25 33 25 32 24 25 36 32 '.
 178                            '15 32 24 27 37 32 23 16 10 5 1 35 30 12 33 26 19 '.
 179                            '27 25 25 14 27 26 28 25 32 24 23 12 20 30 21 28 '.
 180                            '34 29 10 23 27 27 18 26 28 19 25 35 32 18 4 27 26 '.
 181                            '28 23 12 24 13 32 28 8 25 33 28 9',
 182         'display_id'    => 'SRR014849.203935',
 183         'desc'          => 'EIXKN4201B4HU6 length=144',
 184         'count'         => 3
 185                                 },
 186 );
 187
 188 for my $example (sort keys %example_files) {
 189     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 190     my $variant = $example_files{$example}->{variant};
 191     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 192                              -file      => $file,
 193                              -verbose   => 2);  #strictest level
 194     my $ct = 0;
 195     my $sample_seq;
 196     eval {
 197         while (my $seq = $in->next_seq) {
 198             $ct++;
 199             $sample_seq = $seq; # always grab the last seq
 200         }
 201     };
 202     ok(!$@, "$example parses");
 203     is($ct, $example_files{$example}->{count}, "correct num. seqs in $example");
 204     ok(defined($sample_seq), 'sample sequence obtained');
 205     if ($sample_seq) {
 206         isa_ok($sample_seq, 'Bio::Seq::Quality');
 207         for my $method (qw(seq desc display_id)) {
 208             is($sample_seq->$method,
 209                $example_files{$example}->{$method},
 210                "$method() matches $example");
 211         }
 212         is(join(' ', map {sprintf("%.0f", $_)} @{$sample_seq->qual}),
 213                 $example_files{$example}->{qual},
 214                 "qual() matches $example");
 215         my $truncated = $sample_seq->trunc(1,10);
 216         is(scalar(@{$truncated->meta}), $truncated->length);
 217     }
 218 }
 219
 220 # test round-trip and conversions (single file of each type)
 221
 222 my @variants = qw(sanger illumina solexa);
 223
 224 my %conversion = (  # check conversions, particularly solexa
 225     sanger_93            => {
 226         'variant'       => 'sanger',
 227         'to_solexa'     => {
 228           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 229           '-qual' => [ (map {62} 0..31),(reverse(1..61)),1 ],
 230           '-raw_quality' => '~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJHGFECB@>;;',
 231           '-id' => 'Test',
 232           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 233           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 234         },
 235         'to_illumina'   => {
 236           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 237           '-qual' => [ (map {62} 0..31),(reverse(0..61)) ],
 238           '-raw_quality' => '~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@',
 239           '-id' => 'Test',
 240           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 241           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 242         },
 243         'to_sanger'     => {
 244           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 245           '-qual' => [reverse(0..93)],
 246           '-raw_quality' => '~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)(\'&%$#"!',
 247           '-id' => 'Test',
 248           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 249           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 250         },
 251     },
 252     solexa_faked            => {
 253             'variant'       => 'solexa',
 254         'to_solexa'     => {'-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 255           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 256           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;',
 257           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 258           '-desc' => '',
 259           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 260         },
 261         'to_illumina'   => {
 262           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 263           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 264           '-namespace' => 'solexa',
 265           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\\[ZYXWVUTSRQPONMLKJJIHGFEEDDCCBBAA',
 266           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 267           '-desc' => '',
 268           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 269         },
 270         'to_sanger'     => {
 271           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 272           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 273           '-namespace' => 'solexa',
 274           '-raw_quality' => 'IHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,++*)(\'&&%%$$##""',
 275           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 276           '-desc' => '',
 277           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 278         },
 279     },
 280     illumina_faked          => {
 281         'variant'       => 'illumina',
 282         'to_solexa'     => {
 283           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 284           '-qual' => [reverse(1..40), 1],  # round trip from solexa is lossy
 285           '-namespace' => 'illumina',
 286           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJHGFECB@>;;',
 287           '-id' => 'Test',
 288           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 289           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 290         },
 291         'to_illumina'   => {
 292           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 293           '-qual' => [reverse(0..40)],
 294           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@',
 295           '-id' => 'Test',
 296           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 297           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 298         },
 299         'to_sanger'     => {
 300           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 301           '-qual' => [reverse(0..40)],
 302           '-raw_quality' => 'IHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)(\'&%$#"!',
 303           '-id' => 'Test',
 304           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 305           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 306         }
 307     },
 308 );
 309
 310 for my $example (sort keys %conversion) {
 311     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 312     my $variant = $conversion{$example}->{variant};
 313     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 314                              -file      => $file,
 315                              -verbose   => 2);  #strictest level
 316     # this both tests the next_dataset method and helps check roundtripping
 317     my $seq = $in->next_seq;
 318     for my $newvar (@variants) {
 319         next unless exists $conversion{$example}->{"to_$newvar"};
 320         my $outfile = test_output_file();
 321         Bio::SeqIO->new(-format   => "fastq-$newvar",
 322                         -file     => ">$outfile",
 323                         -verbose  => -1)->write_seq($seq);
 324         my $newdata = Bio::SeqIO->new(-format => "fastq-$newvar",
 325                                     -file     => $outfile)->next_dataset;
 326         # round for simple comparison, get around floating pt comparison probs
 327
 328         if ($newvar eq 'solexa') {
 329             $newdata->{-qual} = [map {sprintf("%.0f",$_)} @{$newdata->{-qual}}];
 330         }
 331
 332         #print Dumper($newdata) if $variant eq 'sanger' && $newvar eq 'illumina';
 333
 334         $conversion{$example}->{"to_$newvar"}->{'-namespace'} = $newvar;
 335         is_deeply($newdata, $conversion{$example}->{"to_$newvar"}, "Conversion from $variant to $newvar");
 336     }
 337 }
 338
 339 # test fastq exception handling
 340
 341 my %error = (
 342     # file name
 343     error_diff_ids          => {
 344         variant         => 'sanger',
 345         exception       => qr/doesn't\smatch\sseq\sdescriptor/xms,
 346                                 },
 347     error_long_qual         => {
 348         variant         => 'sanger',
 349         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/xms,
 350                                 },
 351     error_no_qual           => {
 352         variant         => 'sanger',
 353         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 354                                 },
 355     error_qual_del          => {
 356         variant         => 'sanger',
 357         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 358                                 },
 359     error_qual_escape       => {
 360         variant         => 'sanger',
 361         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 362                                 },
 363     error_qual_null         => {
 364         variant         => 'sanger',
 365         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 366                                 },
 367     error_qual_space        => {
 368         variant         => 'sanger',
 369         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 370                                 },
 371     error_qual_tab          => {
 372         variant         => 'sanger',
 373         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 374                                 },
 375     error_qual_unit_sep     => {
 376         variant         => 'sanger',
 377         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 378                                 },
 379     error_qual_vtab         => {
 380         variant         => 'sanger',
 381         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 382                                 },
 383     error_short_qual        => {
 384         variant         => 'sanger',
 385         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/,
 386                                 },
 387     error_spaces            => {
 388         variant         => 'sanger',
 389         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 390                                 },
 391     error_tabs              => {
 392         variant         => 'sanger',
 393         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 394                                 },
 395     error_trunc_at_plus     => {
 396         variant         => 'sanger',
 397         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 398                                 },
 399     error_trunc_at_qual     => {
 400         variant         => 'sanger',
 401         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 402                                 },
 403     error_trunc_at_seq      => {
 404         variant         => 'sanger',
 405         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 406                                 },
 407     error_trunc_in_title    => {
 408         variant         => 'sanger',
 409         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 410                                 },
 411     error_trunc_in_seq      => {
 412         variant         => 'sanger',
 413         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 414                                 },
 415     error_trunc_in_plus     => {
 416         variant         => 'sanger',
 417         exception       => qr/doesn't\smatch\sseq\s descriptor/xms,
 418                                 },
 419     error_trunc_in_qual     => {
 420         variant         => 'sanger',
 421         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/xms,
 422                                 },
 423 );
 424
 425 for my $example (sort keys %error) {
 426     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 427     my $variant = $error{$example}->{variant};
 428     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 429                              -file      => $file,
 430                              -verbose   => 2);  #strictest level
 431     my $ct = 0;
 432     throws_ok {        while (my $seq = $in->next_seq) {
 433             $ct++;
 434         } } $error{$example}->{exception}, "Exception caught for $example";
 435 }
 436
 437 # fastq
 438
 439 my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => 'fastq',
 440                          -file      => test_input_file('fastq', 'zero_qual.fastq'),
 441                          -verbose   => 2);  # strictest level
 442
 443 lives_and {my $seq = $in->next_seq;
 444            is($seq->seq, 'G');} 'edge case; single 0 in quality fails';
 445
 446
 447