t/SeqIO/tigrxml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 49,
  10                            -requires_modules => [qw(XML::SAX XML::SAX::Writer)]);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO::tigrxml');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $ast = Bio::SeqIO->new(-format => 'tigrxml' ,
  18                           -verbose => $verbose,
  19                           -file => test_input_file('test.tigrxml'));
  20 isa_ok($ast, 'Bio::SeqIO');
  21 $ast->verbose($verbose);
  22 ok my $as = $ast->next_seq();
  23 is($as->display_id, 'chr9');
  24
  25 my $first = 1;
  26 for my $f ( sort { $a->start * $a->strand <=> $b->start * $b->strand } $as->get_SeqFeatures ) {
  27     ok($f);
  28
  29     my ($name);
  30     for my $tag ( qw(Parent ID) ) {
  31         if( $f->has_tag($tag) ) {
  32             ($name) = $f->get_tag_values($tag);
  33             last;
  34         }
  35     }
  36     if( $name eq '162.t00500' || $name eq '162.m02638' ) {
  37         if( $f->primary_tag eq 'gene' ) {
  38             is($f->start, 185408);
  39             is($f->end, 187155);
  40             # warn($f->gff_string, "\n");
  41         } elsif( $f->primary_tag eq 'mRNA' ) {
  42             is($f->start, 185408); # the values list for COORD are start/end of CDS not whole transcript
  43             is($f->end, 187155);
  44             is($f->strand, 1);
  45         } elsif( $f->primary_tag eq "five_prime_UTR" ) {
  46             my ($id) = $f->get_tag_values('ID');
  47             if( $id =~ /UTR1$/ ) {
  48                 is($f->start, 185408);
  49                 is($f->end,   185433);
  50             } elsif( $id =~ /UTR2$/ ) {
  51                 is($f->start, 185487);
  52                 is($f->end,   185793);
  53             } else {
  54                 ok(0, 'expected only two UTRS');
  55             }
  56         } elsif( $f->primary_tag eq "three_prime_UTR" ) {
  57             is($f->start, 187042);
  58             is($f->end, 187155);
  59         } elsif( $f->primary_tag eq 'CDS' ) {
  60             is($f->start, 185794);
  61             is($f->end, 187041);
  62         }
  63     } elsif ( $name eq '162.t00448' || $name eq '162.m02967' ) {
  64         if( $f->primary_tag eq 'gene' ) {
  65             is($f->start, 59343);
  66             is($f->end, 61061);
  67         } elsif( $f->primary_tag eq 'mRNA' ) {
  68             is($f->start, 59343); # the values list for COORD are start/end of CDS not whole transcript
  69             is($f->end, 61061);
  70             is($f->strand, -1);
  71         } elsif( $f->primary_tag eq "five_prime_UTR" ) {
  72             my ($id) = $f->get_tag_values('ID');
  73             is($f->start, 60834);
  74             is($f->end, 61061);
  75             is($f->strand, -1);
  76         } elsif( $f->primary_tag eq "three_prime_UTR" ) {
  77             is($f->start, 59343);
  78             is($f->end,   59632);
  79             is($f->strand, -1);
  80         } elsif( $f->primary_tag eq 'CDS' ) {
  81             if( $first ) {
  82                 is($f->start, 60801);
  83                 is($f->end,   60833);
  84                 is($f->strand, -1);
  85                 $first = 0;
  86             }
  87         }
  88     } else {
  89         ok(0, "unexpected name '$name'\n");
  90     }
  91 }