t/SeqTools/GuessSeqFormat.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 105);
  10
  11     use_ok 'Bio::Tools::GuessSeqFormat';
  12     use_ok 'Bio::SeqIO';
  13     use_ok 'Bio::AlignIO';
  14 }
  15
  16
  17 ok my $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new;
  18 isa_ok $guesser, 'Bio::Tools::GuessSeqFormat';
  19
  20
  21 #
  22 # Test guesser interfaces
  23 #
  24
  25 # 1/ File guess
  26 ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  27     -file => test_input_file('test.fasta'),
  28 ), 'File input';
  29 is $guesser->guess, 'fasta';
  30
  31 # 2/ String guess
  32 my $string = ">test1 no comment
  33 agtgctagctagctagctagct
  34 >test2 no comment
  35 gtagttatgc
  36 ";
  37 ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  38     -text => $string,
  39 ), 'String input';
  40 is $guesser->guess, 'fasta';
  41
  42 # 3/ Filehandle guess
  43 SKIP: {
  44     test_skip(-tests => 2, -requires_modules => [qw(IO::String)]);
  45     require IO::String;
  46     my $fh = IO::String->new($string);
  47     ok $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  48         -fh => $fh,
  49     ), 'Filehandle input';
  50     is $guesser->guess, 'fasta';
  51 }
  52
  53
  54 #
  55 # Test behavior with unknown format
  56 #
  57
  58 is $guesser = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  59     -file => test_input_file('test.waba'), # Bio::SearchIO::waba
  60 )->guess, undef, 'Unknown file format';
  61
  62 throws_ok {
  63     Bio::SeqIO->new( -file=>test_input_file('test.waba') );
  64 } qr/Could not guess format/;
  65
  66
  67 #
  68 # Test SeqIO formats
  69 #
  70
  71 my @fmts = qw{ace embl fasta fastq game gcg genbank pir raw swiss tab};
  72
  73 for my $fmt (@fmts) {
  74     SKIP: {
  75         test_skip(
  76             -tests => 4,
  77             -requires_modules => [qw(XML::Writer XML::Parser::PerlSAX)]
  78         ) if $fmt eq 'game';
  79         test_skip(
  80             -tests => 4,
  81             -requires_module  => 'Data::Stag'
  82         ) if $fmt eq 'swiss';
  83
  84         my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
  85             -file => test_input_file("test.$fmt"),
  86         )->guess;
  87         is $guess, $fmt, "$fmt format";
  88
  89         ok my $input = Bio::SeqIO->new( -file=>test_input_file("test.$fmt") );
  90         ok my $seq = $input->next_seq();
  91         isa_ok $seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  92     }
  93 }
  94
  95
  96 #
  97 # Test AlignIO formats
  98 #
  99
 100 @fmts = qw{clustalw fasta fastq mase mega msf nexus pfam phylip prodom selex};
 101
 102 ## Instead of this, we should instead have a mock of those modules.
 103 ## Two reasons: 1) this modules are dependent on ourselves so this
 104 ## tests will only be triggered when updating. 2) it's not really our
 105 ## job to check if the other module reads file correctly, we just need
 106 ## to ensure that it's called to read the file.
 107 SKIP: {
 108     test_skip(-tests => 4,
 109               -requires_modules => ['Bio::AlignIO::stockholm']);
 110     push(@fmts, 'stockholm');
 111 }
 112
 113
 114 my %skip_module = map {$_=>1} qw{ fastq };
 115
 116 for my $fmt (@fmts) {
 117     my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
 118         -file => test_input_file("testaln.$fmt")
 119     )->guess;
 120     is $guess, $fmt, "$fmt format";
 121     next if $skip_module{$fmt};
 122
 123     ok my $input = Bio::AlignIO->new( -file=>test_input_file("testaln.$fmt") );
 124     ok my $seq = $input->next_aln();
 125     isa_ok $seq, 'Bio::Align::AlignI';
 126 }
 127
 128
 129 #
 130 # Other formats
 131 #
 132
 133 my %fmts = (
 134    blast    => test_input_file('blastp2215.blast'),
 135    gcgblast => test_input_file('test.gcgblast'),
 136    vcf      => test_input_file('example.vcf'),
 137 );
 138
 139 while (my ($fmt, $file) = each %fmts) {
 140     my $guess = Bio::Tools::GuessSeqFormat->new(
 141         -file => $file,
 142     )->guess;
 143     is $guess, $fmt, "$fmt format";
 144 }