t/Tools/Analysis/Protein/NetPhos.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin(-tests => 14,
   9                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  10                            -requires_networking => 1);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos');
  13         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  14         use_ok('Bio::WebAgent');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  20
  21 ok $tool->sleep;
  22 is $tool->delay(1), 1;
  23 ok $tool->sleep;
  24 ok $tool->timeout(120); # LWP::UserAgent method
  25 is $tool->url('http://a.b.c/'), 'http://a.b.c/';
  26
  27
  28 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(-id=>'bioperl',
  29                                                            -seq=>'ABCDEFGHIJKLLKJFHSAKNDJFPSINCSJNDSKNSN');
  30
  31 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::NetPhos->new(-verbose =>$verbose);
  32 $tool->timeout(15);
  33
  34 ok $tool->run ( {seq=>$seq, threshold=>0.9} );
  35 SKIP: {
  36         if ($tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR') {
  37                 skip "Running of the tool was terminated by an error, probably network/ NetPhos server error", 3;
  38         }
  39         my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  40         unless (@res) {
  41                 skip "Didn't get any results from NetPhos server, probable network/server error", 3;
  42         }
  43         #new tests her in v 1.2
  44         ok my $raw = $tool->result('');
  45         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  46         is $parsed->[0][1], '0.934';
  47 }