t/Tools/Phylo/Molphy.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 18,
  10                            -requires_module => 'IO::String');
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Phylo::Molphy');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my $inmolphy = Bio::Tools::Phylo::Molphy->new(-file => test_input_file('lysozyme6.simple.protml'));
  18 ok($inmolphy);
  19 my $r = $inmolphy->next_result;
  20 ok($r);
  21 is($r->model, 'JTT');
  22 is($r->search_space,50);
  23 my @trees;
  24 while( my $t = $r->next_tree ) {
  25     push @trees, $t;
  26 }
  27 is(@trees,5);
  28  $inmolphy = Bio::Tools::Phylo::Molphy->new(-file => test_input_file('lysozyme6.protml'));
  29 ok($inmolphy);
  30 $r = $inmolphy->next_result;
  31 is($r->model, 'JTT');
  32 is($r->search_space,50);
  33 @trees = ();
  34 while( my $t = $r->next_tree ) {
  35     push @trees, $t;
  36 }
  37 is(@trees,5);
  38
  39 is($trees[0]->score, -1047.8);
  40 is($trees[-1]->id, 9);
  41
  42 my $tpm = $r->transition_probability_matrix;
  43 is($tpm->{'Val'}->{'Val'}, -122884);
  44 is($tpm->{'Ala'}->{'Arg'}, 2710);
  45
  46 my $sub_mat = $r->substitution_matrix;
  47 is($sub_mat->{'Val'}->{'Tyr'}, 50);
  48 is($sub_mat->{'Arg'}->{'Ile'}, 72);
  49 is($sub_mat->{'Met'}->{'Met'}, '');
  50
  51 my %fmat = $r->residue_frequencies();
  52 is($fmat{'D'}->[0], 0.052);