t/Tools/Phylo/Phylip/ProtDist.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 47);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist');
  12 }
  13
  14 my $inputfilename= test_input_file('phylipdist.out');
  15 my $tool= Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-file => $inputfilename);
  16 my $phy = $tool->next_matrix;
  17 is(@{$phy->names}, 5);
  18 is $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
  19 is $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
  20 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
  21 is $column[0], '0.00000';
  22 is $column[1], '4.23419';
  23 is $column[2], '3.63330';
  24 is $column[3], '6.20865';
  25 is $column[4], '3.45431';
  26
  27 my @row    = $phy->get_row('Gamma');
  28 is $row[0], '3.63330';
  29 is $row[1], '3.49289';
  30 is $row[2], '0.00000';
  31 is $row[3], '3.68733';
  32 is $row[4], '5.84929';
  33
  34 my @diag   = $phy->get_diagonal;
  35
  36
  37 is $diag[0], '0.00000';
  38 is $diag[1], '0.00000';
  39 is $diag[2], '0.00000';
  40 is $diag[3], '0.00000';
  41 is $diag[4], '0.00000';
  42
  43 my $matrix =<<END;
  44     5
  45 Alpha          0.00000  4.23419  3.63330  6.20865  3.45431
  46 Beta           4.23419  0.00000  3.49289  3.36540  4.29179
  47 Gamma          3.63330  3.49289  0.00000  3.68733  5.84929
  48 Delta          6.20865  3.36540  3.68733  0.00000  4.43345
  49 Epsilon        3.45431  4.29179  5.84929  4.43345  0.00000
  50 END
  51 ;
  52 is $phy->print_matrix , $matrix;
  53
  54 # now parse Phylip 3.6 output
  55
  56 $inputfilename= test_input_file('phylipdist-36.out');
  57 $tool= Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-file => $inputfilename);
  58 $phy = $tool->next_matrix;
  59
  60 is(@{$phy->names}, 39);
  61 is $phy->get_entry('CBG01299','CBG00435'), '4.7793';
  62 is $phy->get_entry('CBG22788','CBG22521'),'5.3195';
  63 is $phy->get_entry('CBG01466', 'CBG01473'), '3.3944';
  64
  65 @row = $phy->get_row('CBG01473');
  66 is(scalar @row, 39);
  67 @column =  $phy->get_column('CBG01300');
  68 is $column[0], '0.0817';
  69 is $column[1], '0.0000';
  70 is $column[2], '0.0950';
  71 is $column[3], '0.3111';
  72 is $column[37], '4.7190';
  73 is $column[38], '4.7592';
  74
  75 @row    = $phy->get_row('CBG17433');
  76 is $row[0], '4.8451';
  77 is $row[1], '4.5982';
  78 is $row[2], '4.0620';
  79 is $row[3], '5.9673';
  80 is $row[4], '4.6224';
  81 is $row[5], '5.1993';
  82 is $row[6], '5.4427';
  83 is $row[7], '4.2783';
  84
  85 @diag   = $phy->get_diagonal;
  86
  87 is $diag[0], '0.0000';
  88 is $diag[1], '0.0000';
  89 is $diag[2], '0.0000';
  90 is $diag[3], '0.0000';
  91 is $diag[4], '0.0000';
  92 is $diag[5], '0.0000';
  93 is $diag[37], '0.0000';
  94 is $diag[38], '0.0000';