t/Tree/TreeIO/nexus.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: TreeIO.t 14580 2008-03-01 17:01:30Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 24);
  10     use_ok('Bio::TreeIO');
  11 }
  12
  13 my $verbose = test_debug();
  14
  15
  16 SKIP: {
  17     test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'IO::String');
  18
  19     # test nexus tree parsing
  20     my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  21                                   -verbose => $verbose,
  22                                   -file   => test_input_file('urease.tre.nexus'));
  23
  24     my $tree = $treeio->next_tree;
  25     ok($tree);
  26     is($tree->id, 'PAUP_1');
  27     is($tree->get_leaf_nodes, 6);
  28     my ($node) = $tree->find_node(-id => 'Spombe');
  29     is($node->branch_length,0.221404);
  30
  31     # test nexus MrBayes tree parsing
  32     $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  33                                -file   => test_input_file('adh.mb_tree.nexus'));
  34
  35     $tree = $treeio->next_tree;
  36         my $ct = 1;
  37     ok($tree);
  38     is($tree->id, 'rep.1');
  39     is($tree->get_leaf_nodes, 54);
  40     ($node) = $tree->find_node(-id => 'd.madeirensis');
  41     is($node->branch_length,0.039223);
  42         while ($tree = $treeio->next_tree) {
  43                 $ct++;
  44         }
  45         is($ct,13,'bug 2356');
  46 }
  47
  48
  49 # bug #1854
  50 # process no-newlined tree
  51 my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  52                               -verbose => $verbose,
  53                               -file   => test_input_file('tree_nonewline.nexus'));
  54
  55 my $tree = $treeio->next_tree;
  56 ok($tree);
  57 ok($tree->find_node('TRXHomo'));
  58
  59 # bug #2205
  60 # process trees with node IDs containing spaces
  61 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  62                            -verbose => $verbose,
  63                            -file   => test_input_file('spaces.nex'));
  64
  65 $tree = $treeio->next_tree;
  66
  67 my @nodeids = ("'Allium drummondii'", "'Allium cernuum'",'A.cyaneum');
  68
  69 ok($tree);
  70 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  71         is($node->id, shift @nodeids);
  72 }
  73
  74 # bug #2221
  75 # process tree with names containing quoted commas
  76
  77 $tree = $treeio->next_tree;
  78
  79 @nodeids = ("'Allium drummondii, USA'", "'Allium drummondii, Russia'",'A.cyaneum');
  80
  81 ok($tree);
  82 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  83         is($node->id, shift @nodeids);
  84 }
  85
  86 # bug #2221
  87 # process tree with names containing quoted commas on one line
  88
  89 $tree = $treeio->next_tree;
  90
  91 @nodeids = ("'Allium drummondii, Russia'", "'Allium drummondii, USA'",'A.cyaneum');
  92
  93 ok($tree);
  94 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  95         is($node->id, shift @nodeids);
  96 }