t/AlignIO/fasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6         use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 12);
  10
  11         use_ok('Bio::AlignIO::fasta');
  12 }
  13
  14 my $DEBUG = test_debug();
  15
  16 my ($str,$aln,$strout,$status);
  17
  18 # FASTA
  19 $str = Bio::AlignIO->new(
  20                  -file => test_input_file("testaln.fasta"),
  21                  -format => 'fasta');
  22 $aln = $str->next_aln();
  23 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  24 is $aln->get_seq_by_pos(1)->display_id, 'AK1H_ECOLI/114-431',
  25   "fasta input test ";
  26 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431/1-318',
  27   "fasta input test ";
  28 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description, 'DESCRIPTION HERE',
  29     "fasta input test for description");
  30 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->display_id, 'AK_YEAST/134-472',
  31     "fasta input test for id");
  32 is $aln->get_seq_by_pos(11)->get_nse, 'AK_YEAST/134-472/134-472',
  33   "fasta input test, captures formatted start/end";
  34
  35 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->end, 318,
  36     "fasta input test for end");
  37
  38 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->description, 'A COMMENT FOR YEAST',
  39     "fasta input test for description");
  40
  41 $strout = Bio::AlignIO->new(
  42    '-file' => ">".test_output_file(),
  43                               '-format' => 'fasta');
  44 $status = $strout->write_aln($aln);
  45 is $status, 1,"fasta output test";
  46
  47 my $in = Bio::AlignIO->newFh(
  48    '-file'  => test_input_file("testaln.fasta"),
  49                                '-format' => 'fasta');
  50 my $out = Bio::AlignIO->newFh(
  51    '-file' => ">".test_output_file(),
  52                                 '-format' => 'pfam');
  53 while ( $aln = <$in>) {
  54     is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431/1-318',
  55      "filehandle input test  ";
  56     $status = print $out $aln;
  57     last;
  58 }
  59 is $status, 1, "filehandle output test";