t/AlignIO/mega.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: mega.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 6);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::mega');
  13 }
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  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # MEGA
  20 $str = Bio::AlignIO->new('-format' => 'mega',
  21         '-file'   => test_input_file("testaln.mega"));
  22
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse,'Human/1-141');
  26 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse,'Horse/1-144');
  27 $aln->unmatch();
  28 is($aln->get_seq_by_pos(3)->subseq(1,10), 'V-LSAADKGN');
  29
  30 $strout = Bio::AlignIO->new('-format' => 'mega',
  31           '-file'   => ">" .test_output_file());
  32
  33 $status = $strout->write_aln($aln);
  34 is $status, 1, "mega output test";
  35
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