t/AlignIO/metafasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: megafasta.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 4);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::metafasta');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # METAFASTA
  20 #print STDERR "Better Metafasta tests needed\n" if $DEBUG;
  21 my $io = Bio::AlignIO->new(-verbose => $DEBUG ? $DEBUG : -1,
  22    -file => test_input_file('testaln.metafasta'));
  23 $aln = $io->next_aln;
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is $aln->consensus_string,'CDEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ', "consensus_string on metafasta";
  26 is $aln->symbol_chars,'23',"symbol_chars() using metafasta";
  27