t/AlignIO/po.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: po.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::po');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # POA
  20 # just skip on perl 5.6.0 and earlier as it causes a crash on
  21 # default perl with OS X 10.2
  22 # fink perl 5.6.0 does not seem to have the problem
  23 # can't figure out what it is so just skip for now
  24 SKIP: {
  25         skip("skipping due to bug in perl 5.6.0 that comes with OS X 10.2", 10) unless ($^O ne 'darwin' || $] > 5.006);
  26
  27         $str = Bio::AlignIO->new(
  28                           -file   => test_input_file('testaln.po'),
  29                           -format => 'po',
  30                           );
  31         isa_ok($str, 'Bio::AlignIO');
  32         $aln = $str->next_aln();
  33         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  34         is $aln->num_sequences, 6;
  35
  36         # output is? i.e. does conversion from clustalw to po give the same alignment?
  37         $str = Bio::AlignIO->new(
  38                   '-file'   => test_input_file('testaln.clustalw'),
  39                   '-format' => 'clustalw');
  40         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  41         $aln = $str->next_aln();
  42         isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  43         $strout = Bio::AlignIO->new(
  44                  '-file'   => ">" . test_output_file(),
  45                  '-format' => 'po');
  46         $status = $strout->write_aln($aln);
  47         is $status, 1, "po output test";
  48
  49         $str = Bio::AlignIO->new(
  50                  '-file'   => test_input_file('testaln.po'),
  51                  '-format' => 'po');
  52         isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  53         my $aln2 = $str->next_aln();
  54         isa_ok($aln2,'Bio::Align::AlignI');
  55         is $aln2->num_sequences, $aln->num_sequences;
  56         is $aln2->length, $aln->length;
  57 }