Move HMMER related modules, tests, and programs to new distribution.
[bioperl-live.git] / t / AlignIO / selex.t
blobae89eb1a6e1593e7f0402b06dbad8fb94b5c76aa
1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2 # $Id: selex.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
4 use strict;
6 BEGIN {
7         use lib '.';
8     use Bio::Root::Test;
9     
10     test_begin(-tests => 4);
11         
12         use_ok('Bio::AlignIO::selex');
15 my $DEBUG = test_debug();
17 my ($str,$aln,$strout,$status);
19 # SELEX
20 $str = Bio::AlignIO->new(
21     '-file' => test_input_file("testaln.selex"),
22                            '-format' => 'selex');
23 $aln = $str->next_aln();
24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
25 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'HSFAU/1-518', "selex format test ";
27 $strout = Bio::AlignIO->new(
28    '-file' => ">".test_output_file(), 
29                               '-format' => 'selex');
30 $status = $strout->write_aln($aln);
31 is $status, 1, "selex output test";