t/LocalDB/Index/Index.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7    use lib '.';
   8    use Bio::Root::Test;
   9
  10    test_begin(-tests => 69,
  11               -requires_modules => [qw(DB_File
  12                                        Storable
  13                                        Fcntl)]);
  14
  15    use_ok('Bio::Index::Fasta');
  16    use_ok('Bio::Index::Qual');
  17    use_ok('Bio::Index::SwissPfam');
  18    use_ok('Bio::Index::EMBL');
  19    use_ok('Bio::Index::GenBank');
  20    use_ok('Bio::Index::Stockholm');
  21    use_ok('Bio::Index::Swissprot');
  22    use_ok('Bio::DB::InMemoryCache');
  23    use_ok('Bio::DB::InMemoryCache');
  24 }
  25
  26 my $ind = Bio::Index::Fasta->new(-filename => 'Wibbl',
  27                                  -write_flag => 1,
  28                                  -verbose => 0);
  29 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq'));
  30 $ind->make_index(test_input_file('seqs.fas'));
  31
  32 ok ( -e "Wibbl" || -e "Wibbl.pag" );
  33 my $seq = $ind->fetch('HSEARLOBE');
  34 is($seq->length,321);
  35 is($seq->primary_id(),'HSEARLOBE');
  36 $seq = $ind->fetch('HSMETOO');
  37 is($seq->length,134);
  38 is($seq->primary_id(),'HSMETOO');
  39 $seq = $ind->fetch('MMWHISK');
  40 is($seq->length,62);
  41 is($seq->primary_id(),'MMWHISK');
  42 $seq = $ind->fetch('gi|238775|bbs|65126');
  43 is($seq->length,70);
  44
  45 my $stream = $ind->get_PrimarySeq_stream();
  46 $seq = $stream->next_seq;
  47 isa_ok $seq, 'Bio::PrimarySeqI';
  48
  49 $ind = Bio::Index::Fasta->new(-filename => 'multifa_index',
  50                               -write_flag => 1,
  51                               -verbose => 0);
  52 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq.qual'));
  53
  54 ok ( -e "multifa_index" );
  55
  56 $ind = Bio::Index::Qual->new(-filename => 'multifa_qual_index',
  57                              -write_flag => 1,
  58                              -verbose => 0);
  59 $ind->make_index(test_input_file('multifa.seq.qual'));
  60
  61 ok ( -e "multifa_qual_index" );
  62
  63 ok ( defined($seq) );
  64 isa_ok $seq, 'Bio::SeqI';
  65 $seq = $ind->fetch('HSEARLOBE');
  66 is($seq->length,321);
  67 is($seq->primary_id(),'HSEARLOBE');
  68 $seq = $ind->fetch('HSMETOO');
  69 is($seq->length,134);
  70 is($seq->primary_id(),'HSMETOO');
  71 $seq = $ind->fetch('MMWHISK');
  72 is($seq->length,62);
  73 is($seq->primary_id(),'MMWHISK');
  74 $seq = $ind->fetch('NONEXISTENT_SEQ');
  75 ok(! defined $seq);
  76
  77 $ind = Bio::Index::SwissPfam->new(-filename => 'Wibbl2',
  78                                   -write_flag =>1);
  79 $ind->make_index(test_input_file('swisspfam.data'));
  80
  81 ok ( -e "Wibbl2" || -e "Wibbl2.pag" );
  82
  83 $ind = Bio::Index::EMBL->new(-filename   => 'Wibbl3',
  84                              -write_flag =>1);
  85 $ind->make_index(test_input_file('test.embl'));
  86 ok ( -e "Wibbl3" || -e "Wibbl3.pag" );
  87 is ($ind->fetch('AL031232')->length, 4870);
  88
  89 SKIP: {
  90     test_skip(-tests => 5, -requires_module => 'Data::Stag');
  91     $ind = Bio::Index::Swissprot->new(-filename   => 'Wibbl4',
  92                                       -write_flag => 1);
  93     $ind->make_index(test_input_file('roa1.swiss'));
  94     ok ( -e "Wibbl4" || -e "Wibbl4.pag" );
  95     $seq = $ind->fetch('ROA1_HUMAN');
  96     is ($seq->display_id(), 'ROA1_HUMAN');
  97     $seq = $ind->fetch('P09651');
  98     is ($seq->display_id(), 'ROA1_HUMAN');
  99
 100     # test id_parser
 101     $ind = Bio::Index::Swissprot->new(-filename   => 'Wibbl4',
 102                                       -write_flag => 1);
 103     $ind->id_parser(\&get_id);
 104     $ind->make_index(test_input_file('roa1.swiss'));
 105     ok ( -e "Wibbl4" || -e "Wibbl4.pag" );
 106     $seq = $ind->fetch('X12671');
 107     is ($seq->length,371);
 108 }
 109
 110
 111 my $gb_ind = Bio::Index::GenBank->new(-filename => 'Wibbl5',
 112                                       -write_flag =>1,
 113                                       -verbose    => 0);
 114 $gb_ind->make_index(test_input_file('roa1.genbank'));
 115 ok ( -e "Wibbl5" || -e "Wibbl5.pag" );
 116 $seq = $gb_ind->fetch('AI129902');
 117 is ($seq->length, 37);
 118 is ($seq->species->binomial, 'Homo sapiens');
 119 $seq = $gb_ind->fetch(3598416);
 120 is ($seq->seq,"CTCCGCGCCAACTCCCCCCACCCCCCCCCCACACCCC");
 121
 122 my $cache = Bio::DB::InMemoryCache->new( -seqdb => $gb_ind );
 123
 124 ok ( $cache->get_Seq_by_id('AI129902') );
 125
 126 SKIP: {
 127    test_skip(-tests => 22, -requires_module => 'Bio::DB::FileCache');
 128
 129    $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 130                                     -keep  => 1,
 131                                     -file  => 'filecache.idx');
 132    # problem:
 133    my $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 134    ok ( $seq);
 135    is ( $seq->length, 37);
 136    is ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 137
 138    my ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 139    is ( ($f1->get_tag_values('sex'))[0], 'female');
 140    is ( ($f1->get_tag_values('lab_host'))[0], 'DH10B');
 141    my $species = $seq->species;
 142    ok( $species );
 143    is( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 144    is( $species->species(), 'sapiens');
 145    is( $species->genus(), 'Homo');
 146    # changes in GenBank file SOURCE line
 147    # this is now the abbreviated name
 148    ok defined($species->name('abbreviated'));
 149    is ($species->name('abbreviated')->[0], 'human');
 150
 151    $cache = undef;
 152    $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 153                                     -keep  => 0,
 154                                     -file  => 'filecache.idx');
 155    $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 156    ok ( $seq);
 157    is ( $seq->length, 37);
 158    is ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 159
 160    ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 161    is ( ($f1->get_tag_values('sex'))[0], 'female');
 162    is ( ($f1->get_tag_values('lab_host'))[0], 'DH10B');
 163    $species = $seq->species;
 164    ok( $species );
 165    is( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 166    is( $species->species(), 'sapiens');
 167    is( $species->genus(), 'Homo');
 168    # changes in GenBank file SOURCE line
 169    # this is now the abbreviated name
 170    ok defined($species->name('abbreviated'));
 171    is ($species->name('abbreviated')->[0], 'human');
 172 }
 173
 174 # test id_parser
 175 $gb_ind = Bio::Index::GenBank->new(-filename => 'Wibbl5',
 176                                    -write_flag =>1,
 177                                    -verbose    => 0);
 178 $gb_ind->id_parser(\&get_id);
 179 $gb_ind->make_index(test_input_file('roa1.genbank'));
 180 ok ( -e "Wibbl5" || -e "Wibbl5.pag" );
 181 $seq = $gb_ind->fetch('alpha D-globin');
 182 is ($seq->length,141);
 183
 184 # test Stockholm
 185 my $st_ind = Bio::Index::Stockholm->new(-filename => 'Wibbl6',
 186                                         -write_flag => 1,
 187                                         -verbose    => 0);
 188 isa_ok $st_ind, 'Bio::Index::Stockholm';
 189 $st_ind->make_index(test_input_file('testaln.stockholm'));
 190 ok ( -e "Wibbl6" );
 191 my $aln = $st_ind->fetch_aln('PF00244');
 192 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
 193
 194 sub get_id {
 195    my $line = shift;
 196    return $1 if ($line =~ /product="([^"]+)"/);
 197    return $1 if ($line =~ /^DR\s+EMBL;\s+([^;]+)/);
 198 }
 199
 200 END {
 201    cleanup();
 202 }
 203
 204 sub cleanup {
 205    for my $root ( qw( Wibbl Wibbl2 Wibbl3 Wibbl4 Wibbl5 Wibbl6
 206                       multifa_index multifa_qual_index ) ) {
 207       unlink $root if( -e $root );
 208       unlink "$root.pag" if( -e "$root.pag");
 209       unlink "$root.dir" if( -e "$root.dir");
 210    }
 211 }