t/RemoteDB/CUTG.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 37,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)]);
  12
  13         use_ok('Bio::DB::CUTG');
  14         use_ok('Bio::CodonUsage::Table');
  15         use_ok('Bio::CodonUsage::IO');
  16     use_ok('Bio::SeqIO');
  17     use_ok('Bio::Tools::SeqStats');
  18 }
  19
  20 my $outfile = test_output_file();
  21 my $verbose = test_debug();
  22
  23 # try reading from file
  24 ok my $io = Bio::CodonUsage::IO->new
  25   (-file=> test_input_file('MmCT'));
  26 ok  my $cut2 = $io->next_data();
  27 is int($cut2->aa_frequency('LEU')), 10;
  28
  29 # write
  30 ok $io = Bio::CodonUsage::IO->new(-file => ">$outfile");
  31 $io->write_data($cut2);
  32 ok -e $outfile;
  33
  34 # can we read what we've written?
  35 ok $io = Bio::CodonUsage::IO->new(-file => "$outfile");
  36 ok $cut2 = $io->next_data();
  37 is int($cut2->aa_frequency('LEU')), 10;
  38
  39 # now try making a user defined CUT from a sequence
  40 ok my $seqobj = Bio::SeqIO->new (-file =>test_input_file('HUMBETGLOA.fa'),
  41                                                         -format => 'fasta')->next_seq;
  42 is $seqobj->subseq(10,20), 'TTGACACCACT';
  43 ok my $codcont_Ref = Bio::Tools::SeqStats->count_codons($seqobj);
  44 is $codcont_Ref->{'TGA'}, 16;
  45 ok my $cut = Bio::CodonUsage::Table->new(-data=>$codcont_Ref);
  46 is $cut->codon_rel_frequency('CTG'), 0.18;
  47 is $cut->codon_abs_frequency('CTG'), 2.6;
  48 is $cut->codon_count('CTG'), 26;
  49 is $cut->get_coding_gc(1), "39.70";
  50 ok my $ref = $cut->probable_codons(20);
  51
  52 # Examples:
  53 # http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/spsearch.cgi?species=Pan+troglodytes&c=s
  54 # http://www.kazusa.or.jp/codon/cgi-bin/showcodon.cgi?species=37011&aa=1&style=GCG
  55 # requiring Internet access, set env BIOPERLDEBUG to 1 to run
  56 SKIP: {
  57         test_skip(-tests => 14, -requires_networking => 1);
  58         ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose => $verbose);
  59         ok $tool->sleep;
  60         is $tool->delay(1), 1;
  61         ok $tool->sleep;
  62
  63         # get CUT from web
  64         ok my $db = Bio::DB::CUTG->new();
  65         $db->verbose($verbose ? $verbose : -1);
  66         my $cdtable;
  67         eval {$cdtable = $db->get_request(-sp =>'Pan troglodytes');};
  68         skip "Server/network problems? Skipping those tests\n$@", 9 if $@;
  69
  70         # tests for Table.pm, the answers seem to change with time, so not specific
  71         cmp_ok($cdtable->cds_count(), '>', 10);
  72         cmp_ok(int($cdtable->aa_frequency('LEU')), '>', 1);
  73         ok $cdtable->get_coding_gc('all');
  74         cmp_ok($cdtable->codon_rel_frequency('ttc'), '<', 1);
  75
  76         ## now lets enter a non-existent species ans check handling..
  77         ## should default to human...
  78         my $db2 = Bio::DB::CUTG->new();
  79         $db2->verbose($verbose ? $verbose : -1);
  80         eval {$cut2 = $db2->get_request(-sp =>'Wookie magnus');};
  81         skip "Server/network problems? Skipping those tests\n$@", 5 if $@;
  82         is $cut2->species(), 'Homo sapiens';
  83
  84         $db = Bio::DB::CUTG->new();
  85         $db->verbose($verbose ? $verbose : -1);
  86         eval {$cdtable = $db->get_request(-sp =>'Homo sapiens');};
  87         skip "Server/network problems? Skipping those tests\n$@", 4 if $@;
  88
  89         # tests for Table.pm, the answers seem to change with time, so not specific
  90         cmp_ok($cdtable->cds_count(), '>', 10);
  91         cmp_ok(int($cdtable->aa_frequency('LEU')), '>', 1);
  92         ok $cdtable->get_coding_gc('all');
  93         cmp_ok($cdtable->codon_rel_frequency('ttc'), '<', 1);
  94
  95         my $db3 = Bio::DB::CUTG->new(-sp =>'Bacillus subtilis', -gc => 1);
  96         $db3->verbose($verbose ? $verbose : -1);
  97         my $cut3;
  98         eval {$cut3 = $db3->get_request();};
  99         skip "Server/network problems? Skipping those tests\n$@", 5 if $@;
 100         print $cut3->codon_rel_frequency('ATG');
 101 }