t/SearchIO/Writer/GbrowseGFF.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 4);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $in = Bio::SearchIO->new(-format => 'blast',
  16                             -file   => test_input_file('brassica_ATH.WUBLASTN'));
  17
  18 my $outfile = test_output_file();
  19
  20 my $out = Bio::SearchIO->new(-output_format  => 'GbrowseGFF',
  21                             -prefix => 'Sequence',
  22                             -output_cigar   => 1,
  23                             -output_signif  => 1,
  24                             -file           => ">$outfile");
  25 ok($out);
  26 while( my $r = $in->next_result ) {
  27     ok($out->write_result($r));
  28 }
  29
  30 ok(-s $outfile);
  31
  32 # tests checking file output?