t/Tree/TreeIO/lintree.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: TreeIO.t 14580 2008-03-01 17:01:30Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 24);
  11     use_ok('Bio::TreeIO');
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16 # try lintree parsing
  17 my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  18                               -file   => test_input_file('crab.njb'));
  19
  20 my ($tree, @leaves, $node);
  21 while( $tree = $treeio->next_tree ) {
  22
  23     isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  24
  25     my @nodes = $tree->get_nodes;
  26
  27     @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  28     is(@leaves, 13);
  29 #\maj    is(@nodes, 25);
  30     is(@nodes, 24);
  31     ($node) = $tree->find_node(-id => '18');
  32     ok($node);
  33     is($node->id, '18');
  34     is($node->branch_length, '0.030579');
  35     is($node->bootstrap, 998);
  36 }
  37
  38 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  39                            -file   => test_input_file('crab.nj'));
  40
  41 $tree = $treeio->next_tree;
  42
  43 isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  44
  45 my @nodes = $tree->get_nodes;
  46 @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  47 is(@leaves, 13);
  48 #/maj is(@nodes, 25);
  49 is(@nodes, 24); #/maj
  50 ($node) = $tree->find_node('18');
  51 is($node->id, '18');
  52 is($node->branch_length, '0.028117');
  53
  54 ($node) = $tree->find_node(-id => 'C-vittat');
  55 is($node->id, 'C-vittat');
  56 is($node->branch_length, '0.087619');
  57 is($node->ancestor->id, '14');
  58
  59 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'lintree',
  60                           -file   => test_input_file('crab.dat.cn'));
  61
  62 $tree = $treeio->next_tree;
  63
  64 isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  65
  66 @nodes = $tree->get_nodes;
  67 @leaves = $tree->get_leaf_nodes;
  68 is(@leaves, 13, "Leaf nodes");
  69
  70 #/maj is(@nodes, 25, "All nodes");
  71 is(@nodes, 24, "All nodes"); #/maj
  72 ($node) = $tree->find_node('18');
  73 is($node->id, '18');
  74
  75 is($node->branch_length, '0.029044');
  76
  77 ($node) = $tree->find_node(-id => 'C-vittat');
  78 is($node->id, 'C-vittat');
  79 is($node->branch_length, '0.097855');
  80 is($node->ancestor->id, '14');