t/Tree/TreeIO/nexus.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: TreeIO.t 14580 2008-03-01 17:01:30Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 24);
  11     use_ok('Bio::TreeIO');
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16
  17 SKIP: {
  18     test_skip(-tests => 8, -requires_module => 'IO::String');
  19
  20     # test nexus tree parsing
  21     my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  22                                   -verbose => $verbose,
  23                                   -file   => test_input_file('urease.tre.nexus'));
  24
  25     my $tree = $treeio->next_tree;
  26     ok($tree);
  27     is($tree->id, 'PAUP_1');
  28     is($tree->get_leaf_nodes, 6);
  29     my ($node) = $tree->find_node(-id => 'Spombe');
  30     is($node->branch_length,0.221404);
  31
  32     # test nexus MrBayes tree parsing
  33     $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  34                                -file   => test_input_file('adh.mb_tree.nexus'));
  35
  36     $tree = $treeio->next_tree;
  37         my $ct = 1;
  38     ok($tree);
  39     is($tree->id, 'rep.1');
  40     is($tree->get_leaf_nodes, 54);
  41     ($node) = $tree->find_node(-id => 'd.madeirensis');
  42     is($node->branch_length,0.039223);
  43         while ($tree = $treeio->next_tree) {
  44                 $ct++;
  45         }
  46         is($ct,13,'bug 2356');
  47 }
  48
  49
  50 # bug #1854
  51 # process no-newlined tree
  52 my $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  53                               -verbose => $verbose,
  54                               -file   => test_input_file('tree_nonewline.nexus'));
  55
  56 my $tree = $treeio->next_tree;
  57 ok($tree);
  58 ok($tree->find_node('TRXHomo'));
  59
  60 # bug #2205
  61 # process trees with node IDs containing spaces
  62 $treeio = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  63                            -verbose => $verbose,
  64                            -file   => test_input_file('spaces.nex'));
  65
  66 $tree = $treeio->next_tree;
  67
  68 my @nodeids = ("'Allium drummondii'", "'Allium cernuum'",'A.cyaneum');
  69
  70 ok($tree);
  71 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  72         is($node->id, shift @nodeids);
  73 }
  74
  75 # bug #2221
  76 # process tree with names containing quoted commas
  77
  78 $tree = $treeio->next_tree;
  79
  80 @nodeids = ("'Allium drummondii, USA'", "'Allium drummondii, Russia'",'A.cyaneum');
  81
  82 ok($tree);
  83 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  84         is($node->id, shift @nodeids);
  85 }
  86
  87 # bug #2221
  88 # process tree with names containing quoted commas on one line
  89
  90 $tree = $treeio->next_tree;
  91
  92 @nodeids = ("'Allium drummondii, Russia'", "'Allium drummondii, USA'",'A.cyaneum');
  93
  94 ok($tree);
  95 for my $node ($tree->get_leaf_nodes) {
  96         is($node->id, shift @nodeids);
  97 }