t/Tree/TreeIO/phyloxml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 98,
  11                            -requires_modules => [qw(XML::LibXML XML::LibXML::Reader)]);
  12
  13         use_ok('Bio::TreeIO');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 SKIP: {
  19   if (1000*$] < 5008) {
  20     skip("Reader interface only supported in Perl >= 5.8",96);
  21   } elsif (XML::LibXML::LIBXML_VERSION() <= 20620) {
  22     skip("Reader not supported for libxml2 <= 2.6.20",96);
  23   }
  24   use_ok('Bio::TreeIO::phyloxml');
  25
  26   if ($verbose) {
  27         diag("libxml version: ", XML::LibXML::LIBXML_VERSION());
  28   }
  29
  30   ok my $treeio = Bio::TreeIO->new(
  31                          -verbose => $verbose,
  32                                    -format => 'phyloxml',
  33                                    -file   => test_input_file('phyloxml_examples.xml'));
  34
  35   # tree1: clade and attribute
  36   # <phylogeny> <clade> <name>
  37   {
  38         if ($verbose > 0) {
  39           diag("\ntree1: clade and attribute");
  40         }
  41         my $tree = $treeio->next_tree;
  42         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  43         is($tree->id, 'example from Prof. Joe Felsenstein\'s book "Inferring Phylogenies"');
  44         is($tree->get_tag_values('description'), 'phyloXML allows to use either a "branch_length" attribute or element to indicate branch lengths.');
  45         if ($verbose > 0) {
  46           diag("tree id: ",$tree->id);
  47           diag("tree description: ", $tree->get_tag_values('description'));
  48         }
  49         is($tree->get_tag_values('rooted'), 'true');
  50         my @nodes = $tree->get_nodes;
  51         is(@nodes, 5);
  52         my ($A) = $tree->find_node('A');
  53         ok($A);
  54         is($A->branch_length, '0.102');
  55         if ($verbose > 0) {
  56           diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  57         }
  58         is($A->ancestor->id, '');
  59         is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
  60         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
  61         if ($verbose > 0) {
  62           diag($leaves_string);
  63         }
  64         is($leaves_string, '((A,B),C)');
  65
  66   # write_tree
  67         if ($verbose > 0) {
  68           diag("\ntest write_tree");
  69         }
  70         my $FILE1 = test_output_file();
  71         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
  72                 -format => 'phyloxml',
  73                 -file   => ">$FILE1");
  74         $treeout->write_tree($tree);
  75         ok -s $FILE1;
  76         if ($verbose > 0) {
  77           diag(`cat $FILE1`);
  78         }
  79   }
  80
  81   # tree2: branch_length
  82   # <branch_length>
  83   {
  84         if ($verbose > 0) {
  85           diag("\ntree2: branch_length");
  86         }
  87         my $tree = $treeio->next_tree;
  88         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  89         if ($verbose > 0) {
  90           diag("tree id: ",$tree->id);
  91         }
  92         my @nodes = $tree->get_nodes;
  93         is(@nodes, 5);
  94         my $A = $tree->find_node('A');
  95         ok($A);
  96         is($A->branch_length, '0.102');
  97         if ($verbose > 0) {
  98           diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  99         }
 100         is($A->ancestor->id, '');
 101         is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
 102         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 103         if ($verbose > 0) {
 104           diag($leaves_string);
 105         }
 106         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 107
 108   # write_tree
 109         if ($verbose > 0) {
 110           diag("\ntest write_tree");
 111         }
 112         my $FILE1 = test_output_file();
 113         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 114                 -format => 'phyloxml',
 115                 -file   => ">$FILE1");
 116         $treeout->write_tree($tree);
 117         ok -s $FILE1;
 118         if ($verbose > 0) {
 119           diag(`cat $FILE1`);
 120         }
 121   }
 122
 123   # tree3: confidence (bootstrap)
 124   # <confidence>
 125   {
 126         if ($verbose > 0) {
 127           diag("\ntree3: confidence (bootstrap)");
 128         }
 129         my $tree = $treeio->next_tree;
 130         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 131         if ($verbose > 0) {
 132           diag("tree id: ",$tree->id);
 133         }
 134         my $AB = $tree->find_node('AB');
 135         ok($AB);
 136         is($AB->bootstrap, '89');
 137         if ($verbose > 0) {
 138           diag("node AB: bootstrap ", $AB->bootstrap);
 139         }
 140         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 141         if ($verbose > 0) {
 142           diag($leaves_string);
 143         }
 144         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 145
 146   # write_tree
 147         if ($verbose > 0) {
 148           diag("\ntest write_tree");
 149         }
 150         my $FILE1 = test_output_file();
 151         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 152                 -format => 'phyloxml',
 153                 -file   => ">$FILE1");
 154         $treeout->write_tree($tree);
 155         ok -s $FILE1;
 156         if ($verbose > 0) {
 157           diag(`cat $FILE1`);
 158         }
 159   }
 160
 161   # tree4: species and sequence
 162   # <taxonomy> <scientific_name> <sequence> <annotation>
 163   {
 164         if ($verbose > 0) {
 165           diag("\ntree4: taxonomy and sequence");
 166         }
 167         my $tree = $treeio->next_tree;
 168         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 169         if ($verbose > 0) {
 170           diag("tree id: ",$tree->id);
 171         }
 172         my $C = $tree->find_node('C');
 173         my ($ac) = $C->annotation->get_Annotations('taxonomy');
 174         isa_ok( $ac, 'Bio::Annotation::Collection');
 175         my ($ac2) = $ac->get_Annotations('scientific_name');
 176         isa_ok( $ac2, 'Bio::Annotation::Collection');
 177         my ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 178         is($scientificname->value, 'C. elegans');
 179         if ($verbose > 0) {
 180           diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 181         }
 182         my ($ac3) = $C->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['scientific_name'], -recursive=>1);
 183         isa_ok( $ac3, 'Bio::Annotation::Collection');
 184         ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 185         is($scientificname->value, 'C. elegans');
 186         if ($verbose > 0) {
 187           diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 188         }
 189         my ($seq) = @{$C->sequence};
 190         isa_ok( $seq, 'Bio::SeqI');
 191         my ($seqac) = $seq->annotation;
 192         isa_ok( $seqac, 'Bio::Annotation::Collection');
 193         my ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 194         my ($desc) = $descac->get_Annotations('_text');
 195         is($desc->value, 'alcohol dehydrogenase');
 196         if ($verbose > 0) {
 197           diag( "Node C Sequence description: ",$desc->value);
 198         }
 199         ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 200
 201   # write_tree
 202         if ($verbose > 0) {
 203           diag("\ntest write_tree");
 204         }
 205         my $FILE1 = test_output_file();
 206         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 207                 -format => 'phyloxml',
 208                 -file   => ">$FILE1");
 209         $treeout->write_tree($tree);
 210         ok -s $FILE1;
 211         if ($verbose > 0) {
 212           diag(`cat $FILE1`);
 213         }
 214   }
 215
 216   # tree5: homolog relationship and sequence relationship
 217   # <events> <speciations> <duplications> <symbol> <accession>
 218   # <sequence_relation>
 219   {
 220         if ($verbose > 0) {
 221           diag("\ntree5: events and relations");
 222         }
 223         my $tree = $treeio->next_tree;
 224         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 225         if ($verbose > 0) {
 226           diag("tree id: ",$tree->id);
 227         }
 228         my $node = $tree->get_root_node;
 229         my ($speciationsac) = $node->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['speciations'], -recursive=>1);
 230         my ($speciationval) = $speciationsac->get_Annotations('_text');
 231         is($speciationval->value, '1');
 232         if ($verbose > 0) {
 233           diag("root node speciation event: ", $speciationval->value);
 234         }
 235         my @children = ($node);
 236         for (@children) {
 237           push @children, $_->each_Descendent();
 238         }
 239         my @leaves = ();
 240         for (@children) {
 241           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 242         }
 243         my ($z) = $leaves[0];
 244         my $z_seq = $z->sequence->[0];
 245         isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 246         my ($z_id) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 247         my ($z_id_text) = $z_id->value;
 248         my @seq_rels = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['sequence_relation'], '-recursive'=>1);
 249         foreach my $rel (@seq_rels) {
 250           isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 251           is ($rel->tagname, 'sequence_relation');
 252           my $seqto = $rel->to;
 253           isa_ok ($seqto, 'Bio::SeqI');
 254           my ($seqto_id) = $seqto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 255           my $seqto_text = $seqto_id->value;
 256           if ($verbose > 0) {
 257                 diag( "node ", $z_id_text, " has ", $rel->type, " relation to ", $seqto_text);
 258           }
 259         }
 260         my ($x) = $leaves[1];
 261
 262
 263   # write_tree
 264         if ($verbose > 0) {
 265           diag("\ntest write_tree");
 266         }
 267         my $FILE1 = test_output_file();
 268         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 269                 -format => 'phyloxml',
 270                 -file   => ">$FILE1");
 271         $treeout->write_tree($tree);
 272         ok -s $FILE1;
 273         if ($verbose > 0) {
 274           diag(`cat $FILE1`);
 275         }
 276   }
 277
 278   # tree6: detailed sequence data
 279   # <mol_seq> <annotation> <code>
 280   {
 281         if ($verbose > 0) {
 282           diag("\ntree6: detailed sequence annotation");
 283         }
 284         my $tree = $treeio->next_tree;
 285         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 286         if ($verbose > 0) {
 287           diag("tree id: ",$tree->id);
 288         }
 289         my @children = ($tree->get_root_node);
 290         for (@children) {
 291           push @children, $_->each_Descendent();
 292         }
 293         my @leaves = ();
 294         for (@children) {
 295           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 296         }
 297         my ($z) = $leaves[0];
 298         my $z_seq = $z->sequence->[0];
 299         isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 300         my ($z_seqname) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['name'], '-recursive'=>1);
 301         my ($z_seqname_text) = $z_seqname->get_Annotations('_text');
 302         is ($z_seqname_text->value, 'NADH-dependent butanol dehydrogenase B');
 303         my ($z_molseq) = $z_seq->seq;
 304         is ($z_molseq, 'MVDFEYSIPTRIFFGKDKINVLGRELKKYGSKVLIVYGGGSIKRNGIYDK');
 305         if ($verbose > 0) {
 306           diag("Sequence ", $z_seqname_text->value, " is ", $z_molseq);
 307         }
 308         my ($z_seqname_text2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$z_seq, '-path'=>'name');
 309         is ($z_seqname_text->value, $z_seqname_text2);
 310         my ($y) = $leaves[1];
 311         my $y_seq = $y->sequence->[0];
 312         isa_ok ($y_seq, 'Bio::SeqI');
 313
 314   # add attribute id_source
 315   $treeio->add_attribute(
 316         '-obj' => $z_seq,
 317         '-attr' => "id_source = \"A\""
 318         );
 319   $treeio->add_attribute(
 320         '-obj' => $y_seq,
 321         '-attr' => "id_source = \"B\""
 322         );
 323
 324   # add sequence relation
 325   $treeio->add_phyloXML_annotation(
 326           '-obj'=>$tree,
 327           '-xml'=>'<sequence_relation id_ref_0="A" id_ref_1="B" type="orthology"/>'
 328           );
 329
 330   # write_tree
 331         if ($verbose > 0) {
 332           diag("\ntest write_tree");
 333         }
 334         my $FILE1 = test_output_file();
 335         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 336                 -format => 'phyloxml',
 337                 -file   => ">$FILE1");
 338         $treeout->write_tree($tree);
 339         ok -s $FILE1;
 340         if ($verbose > 0) {
 341           diag(`cat $FILE1`);
 342         }
 343   }
 344
 345   # tree7: network
 346   # <clade_relation> @id_source & @id_ref
 347   {
 348         if ($verbose > 0) {
 349           diag("\ntree7: network using id_source/id_ref");
 350         }
 351         my $tree = $treeio->next_tree;
 352         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 353         if ($verbose > 0) {
 354           diag("tree id: ",$tree->id);
 355         }
 356         my @children = ($tree->get_root_node);
 357         for (@children) {
 358           push @children, $_->each_Descendent();
 359         }
 360         my @leaves = ();
 361         for (@children) {
 362           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 363         }
 364         my ($c) = $leaves[0];
 365         my ($c_id) = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 366         my @clade_rels = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['clade_relation'], '-recursive'=>1);
 367         foreach my $rel (@clade_rels) {
 368           isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 369           is ($rel->tagname, 'clade_relation');
 370           my $nodeto = $rel->to;
 371           isa_ok ($nodeto, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 372           my ($nodeto_id) = $nodeto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 373           is ($nodeto_id->value, 'b');
 374           my ($nodeto_id2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$nodeto, '-path'=>'id_source', '-attr'=>1);
 375           is ($nodeto_id->value, $nodeto_id2);
 376           if ($verbose > 0) {
 377                 diag( "node ", $c_id->value, " has ", $rel->type, " relation to ", $nodeto_id->value);
 378           }
 379         }
 380
 381   # write_tree
 382         if ($verbose > 0) {
 383           diag("\ntest write_tree");
 384         }
 385         my $FILE1 = test_output_file();
 386         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 387                 -format => 'phyloxml',
 388                 -file   => ">$FILE1");
 389         $treeout->write_tree($tree);
 390         ok -s $FILE1;
 391         if ($verbose > 0) {
 392           diag(`cat $FILE1`);
 393         }
 394   }
 395
 396   # tree8: property elements
 397   # <property>
 398   {
 399         if ($verbose > 0) {
 400           diag("\ntree8: property");
 401         }
 402         my $tree = $treeio->next_tree;
 403         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 404         if ($verbose > 0) {
 405           diag("tree id: ",$tree->id);
 406         }
 407         my ($A) = $tree->find_node('A');
 408         isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 409         my ($ac) = $A->annotation();
 410         isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 411         my (@annotations) = $ac->get_Annotations('property');
 412         isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 413         diag("property:",$annotations[0]) if $verbose;
 414         my (@keys) = $annotations[0]->get_all_annotation_keys();
 415         diag("keys:",@keys) if $verbose;
 416         my (@value) = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 417         is($value[0]->value, ' 1200 ');
 418         if ($verbose > 0) {
 419           diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 420         }
 421         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 422         if ($verbose > 0) {
 423           diag($leaves_string);
 424         }
 425         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 426
 427   # write_tree
 428         if ($verbose > 0) {
 429           diag("\ntest write_tree");
 430         }
 431         my $FILE1 = test_output_file();
 432         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 433                 -format => 'phyloxml',
 434                 -file   => ">$FILE1");
 435         $treeout->write_tree($tree);
 436         ok -s $FILE1;
 437         if ($verbose > 0) {
 438           diag(`cat $FILE1`);
 439         }
 440   }
 441
 442   # tree9: property outside tree topology using id refs
 443   # <property> @id_source @id_ref
 444   {
 445         if ($verbose > 0) {
 446           diag("\ntree9: property using id_source/id_ref");
 447         }
 448         my $tree = $treeio->next_tree;
 449         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 450         if ($verbose > 0) {
 451           diag("tree id: ",$tree->id);
 452         }
 453         my $A = $tree->find_node('A');
 454         isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 455         my $ac = $A->annotation();
 456         isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 457         my @annotations = $ac->get_Annotations('property');
 458         isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 459         my @value = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 460         is($value[0]->value, ' 1200 ');
 461         if ($verbose > 0) {
 462           diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 463         }
 464         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 465         if ($verbose > 0) {
 466           diag($leaves_string);
 467         }
 468         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 469
 470   # write_tree
 471         if ($verbose > 0) {
 472           diag("\ntest write_tree");
 473         }
 474         my $FILE1 = test_output_file();
 475         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 476                 -format => 'phyloxml',
 477                 -file   => ">$FILE1");
 478         $treeout->write_tree($tree);
 479         ok -s $FILE1;
 480         if ($verbose > 0) {
 481           diag(`cat $FILE1`);
 482         }
 483   }
 484
 485   # tree10: detailed taxonomy and distribution
 486   # <id> <rank> <uri> <common_name> <distribution>
 487   {
 488         if ($verbose > 0) {
 489           diag("\ntree10: taxonomy and distribution");
 490         }
 491         my $tree = $treeio->next_tree;
 492         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 493         if ($verbose > 0) {
 494           diag("tree id: ",$tree->id);
 495         }
 496         my $node = $tree->get_root_node;
 497         my @leaves;
 498         my @children = ($node);
 499         for (@children) {
 500           push @children, $_->each_Descendent();
 501         }
 502         for (@children) {
 503           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 504         }
 505         my ($A) = $leaves[0];
 506         my ($scientificname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['scientific_name'], '-recursive'=>1);
 507         my ($scientificname_text) = $scientificname->get_Annotations('_text');
 508         my ($commonname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['common_name'], '-recursive'=>1);
 509         my ($commonname_text) = $commonname->get_Annotations('_text');
 510         my ($rank) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['rank'], '-recursive'=>1);
 511         my ($rank_text) = $rank->get_Annotations('_text');
 512         if ($verbose > 0) {
 513           diag("node rank is ", $rank_text->value);
 514           diag("node scientific name is ", $scientificname_text->value);
 515           diag("node common name is ", $commonname_text->value);
 516         }
 517         my ($distribution) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['distribution'], '-recursive'=>1);
 518         my ($desc) = $distribution->get_Annotations('desc');
 519         my ($desc_text) = $desc->get_Annotations('_text');
 520         if ($verbose > 0) {
 521           diag("node distribution is ", $desc_text->value);
 522         }
 523
 524   # write_tree
 525         if ($verbose > 0) {
 526           diag("\ntest write_tree");
 527         }
 528         my $FILE1 = test_output_file();
 529         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 530                 -format => 'phyloxml',
 531                 -file   => ">$FILE1");
 532         $treeout->write_tree($tree);
 533         ok -s $FILE1;
 534         if ($verbose > 0) {
 535           diag(`cat $FILE1`);
 536         }
 537   }
 538
 539   # tree11: phylogeographic information
 540   # <distribution> <point> <lat> <long> <alt>
 541   {
 542         if ($verbose > 0) {
 543           diag("\ntree11: phylogenographic information");
 544         }
 545         my $tree = $treeio->next_tree;
 546         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 547         if ($verbose > 0) {
 548           diag("tree id: ",$tree->id);
 549         }
 550         my $node = $tree->get_root_node;
 551         my @leaves;
 552         my @children = ($node);
 553         for (@children) {
 554           push @children, $_->each_Descendent();
 555         }
 556         for (@children) {
 557           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 558         }
 559         my ($D) = $leaves[0];
 560         my ($point) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/geodetic_datum', '-attr'=>1);
 561         is ($point, 'WGS84');
 562         my ($lat) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/lat');
 563         my ($long) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/long');
 564         my ($alt) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/alt');
 565         is ($lat, '32.880933');
 566         is ($long, '-117.217543');
 567         is ($alt, '104');
 568         if ($verbose > 0) {
 569           diag("node distribution lat: $lat long $long alt $alt");
 570         }
 571
 572
 573   # write_tree
 574         if ($verbose > 0) {
 575           diag("\ntest write_tree");
 576         }
 577         my $FILE1 = test_output_file();
 578         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 579                 -format => 'phyloxml',
 580                 -file   => ">$FILE1");
 581         $treeout->write_tree($tree);
 582         ok -s $FILE1;
 583         if ($verbose > 0) {
 584           diag(`cat $FILE1`);
 585         }
 586   }
 587
 588   # tree12: date information
 589   # <date> <desc> <value>
 590   {
 591         if ($verbose > 0) {
 592           diag("\ntree12: date");
 593         }
 594         my $tree = $treeio->next_tree;
 595         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 596         if ($verbose > 0) {
 597           diag("tree id: ",$tree->id);
 598         }
 599         my $node = $tree->get_root_node;
 600         my @leaves;
 601         my @children = ($node);
 602         for (@children) {
 603           push @children, $_->each_Descendent();
 604         }
 605         for (@children) {
 606           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 607         }
 608   my ($D) = $tree->find_node(-id => 'A');
 609         my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 610         my ($datemin) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/minimum' );
 611         my ($datemax) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/maximum' );
 612         my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 613         is ($dateunit, 'mya');
 614         is ($datemin, '416.0');
 615         is ($datemax, '443.7');
 616         is ($datevalue, '425');
 617         if ($verbose > 0) {
 618           diag("node date unit: $dateunit min $datemin max $datemax value $datevalue");
 619         }
 620
 621   # write_tree
 622         if ($verbose > 0) {
 623           diag("\ntest write_tree");
 624         }
 625         my $FILE1 = test_output_file();
 626         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 627                 -format => 'phyloxml',
 628                 -file   => ">$FILE1");
 629         $treeout->write_tree($tree);
 630         ok -s $FILE1;
 631         if ($verbose > 0) {
 632           diag(`cat $FILE1`);
 633         }
 634   }
 635
 636   # tree13: alignment outside <phylogeny>
 637   # <align:alignment> <seq>
 638   {
 639         if ($verbose > 0) {
 640           diag("\ntree13: alignment outside  <phylogeny>");
 641         }
 642         my $tree = $treeio->next_tree;
 643         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 644         if ($verbose > 0) {
 645           diag("tree id: ",$tree->id);
 646         }
 647         my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 648         if ($verbose > 0) {
 649           diag($leaves_string);
 650         }
 651         is($leaves_string, '((A,B),C)');
 652
 653   # add annotation in phyloxml
 654         if ($verbose > 0) {
 655           diag("test add annotation in phyloXML format");
 656         }
 657         my $node = $tree->get_root_node;
 658         my @leaves;
 659         my @children = ($node);
 660         for (@children) {
 661           push @children, $_->each_Descendent();
 662         }
 663         for (@children) {
 664           push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 665         }
 666         my ($D) = $leaves[0];
 667         isa_ok($D, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 668         $treeio->add_phyloXML_annotation(
 669                           -obj => $D,
 670                           -xml => "            <name>D</name>
 671                           <date unit=\"mya\">
 672                                  <desc>my date</desc>
 673                                  <value>manymany million years</value>
 674                           </date>
 675   "
 676                           );
 677         my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 678         my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 679         is ($dateunit, 'mya');
 680         is ($datevalue, 'manymany million years');
 681
 682   # write_tree
 683         if ($verbose > 0) {
 684           diag("\ntest write_tree");
 685         }
 686         my $FILE1 = test_output_file();
 687         my $treeout = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 688                 -format => 'phyloxml',
 689                 -file   => ">$FILE1");
 690         $treeout->write_tree($tree);
 691         ok -s $FILE1;
 692         if ($verbose > 0) {
 693           diag(`cat $FILE1`);
 694         }
 695   }
 696
 697
 698   # tree14: convert between nhx and phyloxml
 699   # convert between nhx-phyloxml
 700   {
 701         if ($verbose > 0) {
 702           diag("\n test translation between nhx and phyloxml");
 703         }
 704         ok my $nhxio = Bio::TreeIO->new(
 705                 -verbose => $verbose,
 706                 -format => 'nhx',
 707                 -file   => test_input_file('test.nhx'));
 708         my $tree = $nhxio->next_tree;
 709         isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 710         my $FILE1 = test_output_file();
 711         my $phyloxmlio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 712                 -format => 'phyloxml',
 713                 -file   => ">$FILE1");
 714         $phyloxmlio->write_tree($tree);
 715         ok -s $FILE1;
 716         if ($verbose > 0) {
 717           diag(`cat $FILE1`);
 718         }
 719   }
 720
 721   # to-do 1. validation
 722 TODO: {
 723   local $TODO = 'validation not implemented yet';
 724
 725   my $xsd = "http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd";
 726 #  for my $XSD ($xsd, XML::LibXML::Schema->new(location => $xsd)) {
 727 #    {
 728 #      my $reader = new XML::LibXML::Reader(
 729 #  location => "test/schema/demo.xml",
 730 #  Schema => $XSD,
 731 #       );
 732 #      ok($reader->finish, "validate using ".(ref($XSD) ? 'XML::LibXML::Schema' : 'Schema file'));
 733 #    }
 734 #    {
 735 #      my $reader = new XML::LibXML::Reader(
 736 #  location => "test/schema/invaliddemo.xml",
 737 #  Schema => $XSD,
 738 #       );
 739 #      eval { $reader->finish };
 740 #      ok($@, "catch validation error for ".(ref($XSD) ? 'XML::LibXML::Schema' : 'Schema file'));
 741 #    }
 742 #
 743 #  }
 744
 745 }
 746
 747 }