t/SeqFeature/Gene.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 28);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqIO');
  13     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Transcript');
  14     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::UTR');
  15     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Exon');
  16     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site');
  17     use_ok('Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure');
  18     use_ok('Bio::Location::Fuzzy');
  19 }
  20
  21
  22 my ( $seqio, $geneseq, $gene, $transcript, $poly_A_site1, $poly_A_site2,
  23      $fiveprimeUTR, $exon);
  24
  25 # tests for Bio::SeqFeature::Gene::* objects
  26 # using information from acc: AB077698 as a guide
  27
  28 ok $seqio = Bio::SeqIO->new(
  29     -format => 'genbank',
  30     -file   => test_input_file('AB077698.gb'),
  31 );
  32
  33 ok $geneseq = $seqio->next_seq();
  34
  35 ok $gene = Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure->new(
  36     -primary => 'gene',
  37     -start   => 1,
  38     -end     => 2701,
  39     -strand  => 1,
  40 );
  41
  42 ok $transcript = Bio::SeqFeature::Gene::Transcript->new(
  43     -primary => 'CDS',
  44     -start   => 80,
  45     -end     => 1144,
  46     -tag     => {
  47         'gene' => "CHCR",
  48         'note' => "Cys3His CCG1-Required Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310) The human CHCR (Cys3His CCG1-Required) protein is highly related to EXP/MBNL (Y13829, NM_021038, AF401998) and MBLL (NM_005757,AF061261), which together comprise the human Muscleblind family",
  49        'codon_start' => 1,
  50        'protein_id'  => 'BAB85648.1',
  51     }
  52 );
  53
  54 ok $poly_A_site1 = Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site->new(
  55     -primary => 'polyA_site',
  56     -start => 2660,
  57     -end   => 2660,
  58     -tag   => {
  59         'note' => "Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310); PolyA_site#2 used by CHCR EST clone DKFZp434G2222 (AL133625)"
  60     }
  61 );
  62
  63 ok $poly_A_site2 = Bio::SeqFeature::Gene::Poly_A_site->new(
  64     -primary => 'polyA_site',
  65     -start => 1606,
  66     -end   => 1606,
  67     -tag   => {
  68         'note' => "Encoded on BAC clone RP5-842K24 (AL050310); PolyA_site#1 used by CHCR EST clone PLACE1010202 (AK002178)",
  69     }
  70 );
  71
  72 ok $fiveprimeUTR = Bio::SeqFeature::Gene::UTR->new(-primary => "utr5prime");
  73 ok $fiveprimeUTR->location(
  74     Bio::Location::Fuzzy->new(
  75         -start => "<1",
  76         -end   => 79,
  77     )
  78 );
  79 ok my $threeprimeUTR = Bio::SeqFeature::Gene::UTR->new(
  80     -primary => "utr3prime",
  81     -start   => 1145,
  82     -end     => 2659,
  83 );
  84
  85 # Did a quick est2genome against genomic DNA (this is on Chr X) to
  86 # get the gene structure by hand since it is not in the file
  87 # --Jason
  88
  89 ok $exon = Bio::SeqFeature::Gene::Exon->new(
  90     -primary => 'exon',
  91     -start => 80,
  92     -end   => 177,
  93 );
  94 ok $geneseq->add_SeqFeature($exon);
  95
  96 ok $geneseq->add_SeqFeature($fiveprimeUTR);
  97 ok $geneseq->add_SeqFeature($threeprimeUTR);
  98 ok $geneseq->add_SeqFeature($poly_A_site1);
  99 ok $geneseq->add_SeqFeature($poly_A_site2);
 100
 101 ok $transcript->add_utr($fiveprimeUTR, 'utr5prime');
 102 ok $transcript->add_utr($threeprimeUTR, 'utr3prime');
 103
 104 ok $transcript->add_exon($exon);
 105
 106 # API only supports a single poly-A site per transcript at this point
 107 $transcript->poly_A_site($poly_A_site2);
 108 $geneseq->add_SeqFeature($transcript);
 109 $gene->add_transcript($transcript);
 110 $geneseq->add_SeqFeature($gene);
 111
 112 my ($t) = $gene->transcripts(); # get 1st transcript
 113 ok(defined $t);
 114 is($t->mrna->length, 1693, 'mRNA spliced length');
 115 is($gene->utrs, 2, 'has 2 UTRs');
 116
 117