t/Tools/Tmhmm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 12);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Tmhmm');
  13 }
  14
  15 my $infile = test_input_file('tmhmm.out');
  16
  17 ok my $parser = Bio::Tools::Tmhmm->new(-file=>$infile), 'new()';
  18
  19 my @feat;
  20 while ( my $feat = $parser->next_result ) {
  21   push @feat, $feat;
  22 }
  23
  24 is @feat, 3, 'got 3 feat';
  25
  26 is $feat[0]->seq_id,      'my_sequence_id';
  27 is $feat[0]->source_tag,  'TMHMM2.0';
  28 is $feat[0]->primary_tag, 'transmembrane';
  29
  30
  31 my $raa_test_data = [
  32   [ 54, 76],
  33   [116, 138],
  34   [151, 173],
  35 ];
  36
  37 for (0..(scalar(@feat)-1)) {
  38         is $feat[$_]->start, $raa_test_data->[$_]->[0];
  39         is $feat[$_]->end, $raa_test_data->[$_]->[1];
  40 }